一直以來，區域間港口存在的低價無序競爭造成企業正常利益受損；樞紐港、喂給港的總體布局以及港口行業整體結構不甚合理；港口價格、安保和港口物流信息化等存在的問題已成為港口行業和港口企業發展的不利因素。 
　　除此，從2012年開始，中國港口業不得不面臨一些新問題。
　　“營改增”愛你不容易
　　2012年8月1日，國務院常務會議決定將交通運輸業和部分現代服務業納入營業稅改征增值稅（營改增）試點范圍，由上海市分批擴大至北京、大津、江蘇等10個省、直轄市和計劃單列市。在稅負不斷提高的背景下，“營改增”成為當前結構性減稅的一個突破口。不過，作為交通運輸業重要的試點行業港口業來說，本應有利于減輕企業稅負的“營改增”，卻在實際運作中給諸多企業增加了負擔。
　　此次“營改增”試點，港口行業涉及的增值稅稅率主要是現代服務業6%的稅率和交通運輸業11%的稅率。在“營改增”試點前，港口企業繳納的流轉稅費主要包括營業稅、增值稅以及城建稅、教育費附加和地方教育費附加等，且以營業稅為主。其中，港口企業的裝卸、港務、拖輪業務等按3%的稅率繳納營業稅；倉儲及服務業務等按5%的稅率繳納營業稅。可見，“營改增”后，港口企業主要應稅服務中，裝卸搬運服務稅率由3%上升至6%，倉儲服務稅率由5%上升至6%，水路運輸服務稅率由3%上升至11%。目前實際操作的效果讓港口業“叫苦一片”。
　　以上海港為例，除去上海市出臺的“營改增”試點的相關過渡性優惠政策，有關單位稅負影響情況如下：大型公共碼頭企業，如上海國際港務集團，由于原先享受的“注冊在洋山保稅港區內的企業從事國際航運、貨物運輸、倉儲、裝卸搬運業務取得的收入，免征營業稅”政策，在“營改增”試點后仍然保留，而該部分業務收入約占其收入的90%，因此，集團整體稅負只是略有增加，集團旗下的50多家單位稅負則有增有減，若沒有洋山稅收優惠政策，“營改增”后集團稅負增加明顯。貨主碼頭企業，其碼頭裝卸、倉儲和運輸業務的稅負有所增加，而作為生產性企業其抵扣較多，因此企業整體稅負基本不變。倉儲企業（獨立法人），由于人工成本和設備折舊占大頭，可進項抵扣不多，其稅負增長20%左右。民營碼頭及倉儲企業，其主要經營鋼材裝卸和倉儲，除去其它優惠政策，考慮進項抵扣，稅負增長約10%。國有性質業主碼頭及倉儲企業，主要從事后勤保障和燃油供應，運輸業務稅負增長3%左右，裝卸業務稅負增長7%左右。
　　反觀即將實施“營改增”的其他港口形勢也并不樂觀，據專家預測，即將實行“營改增”的港口將面臨稅負大大增加的局面。
　　天津港集團。不考慮重大固定資產購置進項稅抵扣且考慮常規小額固定資產購置進項稅抵扣的情況下，其整體稅負將增長26.5%，其中港口裝卸、物流業務稅負將增長22.0%。
　　南京港集團。不考慮固定資產購置進項稅抵扣的情況下，不計其原先享受的其它免稅政策的稅款，其整體稅負將增長34.1%；而加上其原先享受的其它免稅政策的稅款，其整體稅負實際增長8.3%，稅額增加783萬元。由于增值稅為價外稅，“營改增”試點后賬面收入和成本同時下降，按2011年數據測算，集團利潤將減少約900萬元。
　　寧波港集團。不考慮固定資產購置進項稅抵扣的情況下，其整體稅負將增長37.5%。其中，港口碼頭經營業務稅負增長37.7%，倉儲業務稅負降低164%；運輸業務稅負增長43.1%；代理業務稅負基本持平；理貨業務稅負增長76.1%。
　　廣州港集團。2011年營業稅的綜合稅率約為3.42%，而“營改增”后，經測算綜合流轉稅率為4.13%，在不考慮固定資產購置進項稅抵扣的情況下，其整體稅負將增長約20.0%，稅額約增加3600萬元。
　　深圳港。主要集裝箱碼頭企業整體稅負將有不同程度增加，平均稅負增長20.0%，最高稅負增長40.0%。按2011年實際數據測算，假設所有可抵扣項目全部取得增值稅專用發票計算進項稅額抵扣，深圳港東、西部港區的稅負將增長21.0%～33.0%，稅額增加7467萬元，而實際會增加更多。
　　由此可見，在目前“營改增”試點政策使得港口企業銷項稅額大幅上升、可抵扣增值稅進項稅稅額不足的情況下，不考慮試點相關過渡性優惠政策前提下，港口業整體稅負會有增加，特別是作為中國港口業主力軍的大型公共碼頭企業，稅負增加明顯。
　　此外，“營改增”試點政策對港口行業的影響還有新老企業稅負不公平、碼頭統籌聯營經營模式受到沖擊、企業原有費收系統與稅務統一開票系統的融合、日常開票和管理、代征的規費開票等一系列問題。
　　岸線資源濫用嚴重
　　岸線資源是國家水路運輸的戰略性資源，關系到港口的可持續發展，對于沿江城市經濟和社會發展起著重要的基礎性保障作用。筆者曾去過很多港口，這些港口負責人一般都會提及岸線資源問題。由于港口管理體制經歷幾次變化，特別是港口下放地方以后，岸線管理處于真空狀態，再加上過去岸線利用缺乏統一規劃，岸線使用存在著多占少用、占而不用的現象，尤其是一些企業占用可以建設萬噸級碼頭的深水岸線，但只建設千噸級的碼頭；另有一些企業占用了很長岸線，但只利用了其中的一部分建設碼頭，影響了岸線資源的充分合理利用。另外，由于歷史原因造成沿海、江城市產業布局分散，碼頭布局不合理，岸線利用率較低。其次，一些大型廠礦企業專用碼頭就地隨意布置，各類碼頭間的安全距離較大造成了岸線資源的浪費。
　　以長江岸線為例，長江深水岸線資源非常有限，一些已建成并投產的具備優越水深條件的長江港區，其后方陸域密布民宅和工廠，建港拆遷難度大，部分工業廠房貼近岸邊，未給港口碼頭的后方陸域建設及產業擴張留下發展空間，致使碼頭后方陸域空間普遍狹窄，堆存和綜合通過能力不足，優越的深水岸線長期得不到充分利用。隨著腹地經濟的快速發展，岸線資源利用必將成為城市經濟發展的瓶頸，對岸線資源的使用進行合理整合，為可持續發展留出岸線資源空間成為當務之急。
　　中國港口協會副秘書長杜麒棟介紹：“公共碼頭服務于區域經濟體，可吸引內外部投資者在港區后方陸域配置資源，形成國際性、區域性加工基地和物流配送中心，吸引腹地優良資源在港區后方沉積，形成連接腹地的經濟增長點，對當地經濟貢獻巨大。公共碼頭能使岸線、陸域等寶貴稀缺資源利用最大化、集約化。然而，由于不少地方把免費使用岸線資源作為招商的優惠條件，造成優質岸線資源被業主碼頭瓜分。”說到這些杜麒棟很是無奈：“類似于‘私家車停車場’的貨主碼頭，其岸線利用率和能力利用率不到公共碼頭的1/3�！彼�說，貨主碼頭由于小而散，還存在較為嚴重的“深水淺用”、“多占少用”、“貼岸使用”的現象�！�
　　結構調整力度不夠
　　2002年實施的新一輪港口管理體制改革后，港口建設步伐不斷加快，全國港口生產能力有了極大的提高，較好地滿足了中國入世后經濟貿易快速發展的需要，過去港口普遍存在的壓船壓港壓貨問題已得到根本解決，適應該階段經濟貿易發展特征的港口體系基本建立。但港口行業內存在結構性不平衡的矛盾非常突出。
　　以集裝箱碼頭為例，據專家分析，當前碼頭通過能力與吞吐量之比以1.1∶1比較合適，從這個標準看集裝箱碼頭能力還有較大缺口。但是分區域看，各區域之間的供需情況存在非常大的差異，某些區域的集裝箱碼頭通過能力存在明顯的富余，而環渤海、長三角、珠三角地區從數字上來看能力存在不足。在中國港口總量規模快速擴張的同時，結構性不平衡的問題非常突出，結構調整勢在必行，否則不僅造成資源浪費，對整個港口行業的健康可持續發展也是不利的。
　　此外，正因為港口建設步伐加快，港口之間的競爭也日趨激烈，同一區域內的港口重復建設，在沿海、沿江，幾十公里就有一個港口，并且港口之間功能定位同質化、腹地重疊，港口企業之間競爭非常激烈。港口行業屬于微利行業，投資大，回收慢，依靠擴大生產規模的粗放型的發展方式，已經不合時宜。因此，從單個港口來看，也要進行結構調整，轉變發展模式，通過創新來獲得新的競爭優勢。
　　綜上所述，中國港口業繁榮背后隱憂多多，而據預測，2013年經濟形勢依然不容樂觀，中國港口業發展也將經受嚴峻考驗。所以，中國港口業勢必要進行轉方式、調結構和創新發展。站在2013年的新起點上，人們也有了一些新的期待——中國港口業能創造奇跡嗎？