2012年，廈門港圓滿完成全港生產目標，全年全港共完成貨物吞吐量1.72億噸，同比增長10.1%；集裝箱吞吐量720.17萬標箱，同比增長11.4%。集裝箱增幅在南部沿海港口中排第一位，在全國主要沿海港口中增幅排在第三位。 
　　2012年是廈門建設東南國際航運中心元年，在國內外經濟形勢并不樂觀的態勢下，為進一步鞏固廈門集裝箱干線港地位，確保完成全年貨物吞吐量和集裝箱吞吐量生產目標，廈門港口管理局采取多項措施，保證了港口吞吐量的有序健康發展。
　　這些措施包括：加大力度推進“水水中轉”業務，將集裝箱吞吐量增長的重點放在國際中轉、內支線中轉和內貿中轉等“水水中轉”業務上，2012年全港累計完成水水中轉箱144萬標箱，同比增長52%；增辟“廈門-東山”“廈門-泉州”內支線，進一步完善廈門港內支線網絡， 2012年，全港累計完成內支線箱51萬標箱，同比增長101%；協調相關口岸部門提升通關環境，包括對“中遠之星”實行“多點報關、口岸驗放”的操作模式，對“東山-廈門”內支線以“聯程轉關”模式進行中轉等；為糧食進口商提供外延協調服務，幫助中糧糧油集團業務合作單位上海華昌糧油公司解決存儲糧食倉庫的資質認證問題，以招商的理念推進貨物吞吐量的提升，2012年，全港累計完成糧食吞吐量437萬噸，同比增長22.4%，有效拉動了全港貨物吞吐量的增長。