2009年9月，深赤灣Ａ完成貨物吞吐量468.5萬噸，比去年同期減少15.1%。赤灣港區、媽灣港區完成集裝箱吞吐量46.0萬TEU，比去年同期減少14.3%，其中赤灣港區完成集裝箱吞吐量30.3萬TEU，比去年同期減少18.5%；散雜貨吞吐量完成69.2萬噸，比去年同期增加25.6%。 　　2009年截至9月末，深赤灣Ａ累計完成貨物吞吐量3791.8萬噸，比去年同期減少23.2%，其中赤灣港區、媽灣港區累計完成集裝箱吞吐量347.9萬TEU，比去年同期減少26.2%。赤灣港區累計完成集裝箱吞吐量244.2萬TEU，比去年同期減少26.8%；散雜貨吞吐量累計完成563.8萬噸，比去年同期減少3.0%。
　　截至2009年9月末，共有50條國際集裝箱班輪航線掛靠。