馬士基航運通知，自2013年8月1日起，對在中國境內收取的所有費用相應征收6%增值稅。 
　　在開具增值稅發票后，需要向外貿企業在原有的運費總額上多征收6%的稅費，而非針對超出部分征稅，此舉被指借“營改增”之機，“變相漲價”。
　　國家財稅《關于在全國展開交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點稅收政策的通知》 （即《財稅[2013] 37號》文）的規定，自2013年8月1日起，在全國范圍內開展交通運輸業和部分現代服務業營改增試點。然而“營改增”對航運企業的減稅效果并不明顯，約半數的航運企業稅負反而增加，主要原因是企業可抵扣的項目偏少。
　　首先，生產設備是航運企業最主要的成本，但企業2012年1月1日之前購置的固定資產投資不可抵扣；其次，航運企業勞動資料成本占總成本的20%左右， 而支付給自有職工的薪酬無法抵扣；再次，資金成本、路橋費、房屋租金、保險費等都不能進行抵扣。對航運企業而言，“營改增”后大部分成本構成中的主要事項都不能進行抵扣，而稅率大幅提升，因此稅負出現增加。
　　從上個世紀90年代中期起，外國船公司就陸續取消中國貨代企業的傭金，近幾年來還不斷產生了單證費、碼頭作業費（THC）、鉛封費。馬士基獨自增加的還有國際船舶、港口保安附加費等費用。中國外經貿企業協會資料顯示，鉛封費每年從中國收走人民幣30多億元，THC達到人民幣200多億元。由于不堪重負，導致貨代、拖車企業虧損，被迫退出港區物流市場。此次馬士基征收6%的稅費，是“一家之言”，還是會波及到整個行業？ 據行業相關人士透露，前幾日，MSC負責人已約見了國家稅務總局負責人，談判最終不歡而散。此舉是否不利于其他船公司，至此下結論還為時過早。
　　針對收費的合理性筆者持疑慮態度。其一，針對所有費用征收6%，被指變相漲價。其二，此舉針對的是CIF操作，對FOB的影響較小，不利于發貨人，但有利于收貨方。我國國際貿易以FOB為主，中國貨主對海運市場掌控不足，只好選擇對方付費的方式，國外買家指定船公司，因而處于被動地位。
　　早在04年對外經貿企業協會、國際貨運代理協會和集裝箱運輸協會（以下簡稱“三協會”）就曾針對馬士基亂收費給出意見。馬士基在中國獨有的收費現象背后，是一些新買辦階層在國內的企業身上撈好處，“他們沒有推廣先進經驗，反而依托馬士基的強勢滿足個人或小圈子的利益�！痹谑袌鼋洕�的現階段，如果物流鏈瀕臨崩潰，政府“讓市場自我調節”的態度是不負責任的，行業利潤不穩定不均衡，不利于中國外貿的發展。