口岸線資源是平潭綜合實驗區開發建設的重要依托。平潭海岸線總長408公里，擁有眾多避風條件良好的港灣和深水岸線資源。港口發展是開放開發的關鍵要素，《平潭綜合實驗區總體發展規劃》中認為，平潭岸線資源豐富，擁有良好的港灣和優越的深水岸線，適宜建設大中型港口。 
　　“成熟規模的港口建設，對于平潭設立自由港將起到基礎性的作用�！�25日，平潭綜合實驗區經發局副局長馬冬根對記者說，作為自由港的必備條件，完善的港口設施是第一位的。
　　其實，平潭從原先不可建港到可建大港的華麗轉變，不僅靠獨有的政策支持，更是因為擁有天然的資源優勢。
　　平潭開放開發需要，平潭港區劃分為四個作業區，即金井作業區、流水作業區、澳前作業區和草嶼作業區。金井作業區以貨物運輸為主，并發展郵輪等旅游客運；澳前作業區近期以對臺客貨滾裝的作業為主，并服務漁業產業；流水作業區作為遠景預留港口岸線；草嶼作業區則具備良好的深水港址建設條件。目前已經投產的有澳前作業區，在建的有金井作業區。
　　25日，記者驅車前往正在建設中的金井作業區吉釣港2#―5#泊位施工現場，機器轟鳴，挖泥船、運輸車、龍門吊等正開足馬力加緊施工。
　　對于選擇在吉釣建設碼頭，吉釣碼頭建設項目指揮部辦公室主任施全福說：“選擇在吉釣主要是岸線條件優越、具有天然的避風條件�！�
　　“我們選擇該作業區作為客運滾裝碼頭，主要是考慮這里天然掩護條件相對較好，港址前方水域寬闊，是一個天然的避風良港，進港航道沿途水深條件好，離平潭海峽大橋近，對外交通方便，未來吉釣路建設后，離金井灣組團就5分鐘的車程，該項目建成后，有利于發揮平潭港區的天然優勢�！敝薪蝗�航局平潭項目部書記丁峰介紹說。
　　同時，丁峰指出了吉釣港區同其他地方港區的優勢，“從吉釣碼頭出發，越過一個小島，就是外海了，縮短了船舶進出港的時間。”
　　“具有良好的經濟腹地對于一個港的興衰有著重要的作用，比如船舶運30萬噸的煤，如果當地經濟有重工業等，就可以自行消化�！倍》逭f，所以，平潭之所以能建大港，另一個重要的原因就是，擁有獨特的政策優勢。
　　“自由貿易港、保稅物流園區等，這些建設對于港口的發展也很重要�！倍》逖a充道。
　　“加快建設港口配套設施，提升港口綜合服務能力，使港口物流業成為平潭未來經濟發展的新增長點和支柱產業，更能夠使平潭在兩岸物流中發揮不可替代的作用�！焙竭\界業內人士分析道。
　　草嶼作業區可建大港 港區建設被提上日程
　　“平潭可建大港，指的是建設草嶼作業區�！瘪R冬根說，草嶼作業區可建成停泊50萬噸級別的船舶泊位，離臺灣海峽的主航道近，整個草嶼島地區能夠建設20幾個泊位，可形成10平方米公里的作業面積，碼頭吞吐能力約2.26億噸。
　　據了解，以平潭現有的港口設施和規模，距離國際上通常意義的自由港還有很大的差距，同時平潭作為臺灣往來大陸的主通道，港區的貨運中轉能力將直接影響 “五個共同”的創新合作，海峽西岸港口群缺乏有大宗商品儲運、加工和中轉能力的特大型深水泊位，對內陸地區及長三角、珠三角的輻射有限。
　　“這些因素的疊加，目前草嶼碼頭建設很有必要�！瘪R冬根說。
　　福建有三都澳青山島、東沖口岸線、猴仔山岸線、羅源灣將軍帽岸線、古鼎嶼西側岸線、興化水道口草嶼島共6段岸線具備建設50萬噸級超大型深水泊位的條件，但目前基本沒有開發，導致福建全省可停泊20萬噸以上級船舶的泊位少之又少。
　　草嶼作業區位于海峽西岸經濟區沿海中心地帶，岸線條件非常優越，碼頭建成后可滿足當前超大型油輪、集裝箱船、散貨船船舶全天候進出港�？�。
　　同時草嶼島擁有天然的避風條件、通航便利、航道及錨地天然建設條件優越，具有良好的開發建設秉賦，岸線后方可開發的土地資源較為豐富。諸上的條件，為建50萬噸級的大港創造了條件。
　　據了解，近期福建省委省政府已經決議啟動平潭自由港申請程序，平潭港區草嶼作業區的建設也被提上了日程。