據市港口局統計，2013年12月份南通港集裝箱吞吐量完成5.32萬TEU，全年累計完成60.05萬TEU，同比增長19.1%，集裝箱吞吐量首次突破60萬標箱。 
　　從內外貿情況看，12月份全港外貿集裝箱共完成2.53萬TEU，累計完成30.6萬TEU，同比增長6.2%；內貿集裝箱完成2.79萬TEU，累計完成29.45萬TEU，同比增長36.2%。
　　從進出港情況看，12月份全港進港完成2.05萬TEU，累計完成22.83萬TEU，同比增長5.2%；出港完成3.27萬TEU，累計完成37.22萬TEU，同比增長29.6%。
　　從空重箱情況看，12月份全港空箱完成2.31萬TEU，累計完成25.18萬TEU，同比增長46.2%；重箱完成3萬TEU，累計完成34.98萬TEU，同比增長5.1%。
　　2013年，在外部經濟形勢復雜多變的情況下，南通港集裝箱之所以保持快速增長，一是由于南通及長江沿線外向型經濟的平穩增長，市場對集裝箱運輸的需求不斷增加；二是加大了對集裝箱碼頭的投入力度，南通港口集團集裝箱碼頭三期工程及配套堆場建成投產，南通港口集裝箱通過能力明顯提高，為集裝箱快速發展創造了有利條件。2013年，南通港口集團集裝箱公司吞吐量首次超過50萬TEU；三是隨著啟東盛獅貨柜等新的集裝箱裝備廠的投產和新航線的開辟，為南通港集裝箱吞吐量的快速增長提供了保障。