上海自貿區建設對從事服務貿易的企業和金融機構的影響較大，航空、航運和物流企業也會直接受益。由于實行“負面清單”管理和國民待遇，自貿區對外資企業也很有吸引力，對區內和周邊基礎建設和航空物流拉動也會比較明顯。 
　　上海自貿區是中國內地規模最大、實力最強的保稅區，其運輸量、利稅等經濟指標大于國內其他14個保稅區的總和。據悉，外高橋物流基地建設采取兩翼展開、全面推進的方略。北區，依托外高橋港區，以發展海運物流為主，擴建方圓1.2平方公里的現代國際物流園區，為中外物流企業提供一個集裝箱快速集并、中轉、分揀、分送的全方位的高效服務平臺；南區，以園區跨國公司高科技產品出口加工業為支撐，依托浦東國際機場，發展空運物流。
　　然而，目前上海自貿區在航空物流方面還存在許多問題。首先是航空物流業務需求量小，尚未達到規模效益的要求。其次，航空物流服務的水平還需要進一步提高。再其次，自貿區內外的航空物流網絡缺乏有效銜接。最后，自貿區內的設施條件仍不能滿足國際航空物流發展的需要。比如，現代航空物流業要求的具有完善物流信息平臺的綜合物流系統還沒有形成。
　　目前，由于有關部門對上海自貿區的認識以及政策條文的理解不完全一致，自貿區的政策優勢實際上并未得到充分落實，這必然會影響到上海自貿區航空物流的發展。此外，航空物流運作涉及到交通運輸、郵電通信、商業物資和對外貿易等若干個行業部門，自貿區的運作還涉及到海關和上海自貿區的管理部門。由于管理體制改革的滯后，部門分割、條塊分割、政企不分的狀況依然存在，適應物流業發展的管理體制尚未建立起來，航空物流業的發展受到制約。
　　總的來說，上海自貿區海關監管制度建設還相對滯后。海關管理法制建設不健全，海關通關效率不高。對一般貿易進口貨物的驗放，海關的現行做法是先稅后放，申報、查驗、征稅等手續都在口岸現場完成，大量貨物進出口影響了口岸通過，形成了“口岸瓶頸”。
　　上海自貿區如要進一步發展航空物流，就必須構筑和完善以多式聯運體系為核心的國際航空物流，建立國際航空物流信息交易系統。隨著國際航空物流信息化趨勢的推進，保稅區要加快建立國際物流信息交易系統，確保全天候地與國際互聯網溝通，以滿足國際航空物流運作的需要。
　　此外，上海自貿區還應鼓勵保稅區內航空物流企業發展第三方物流。第三方物流是物流服務供給方在特定的時間段內，按特定的價格向需求方提供個性化系列物流服務的交易方式。這種物流服務是建立在現代電子信息技術基礎上的。物流活動和配送工作由專業的物流公司或儲運公司來完成。由于不參與商品的買賣，只提供專門的物流服務，因而能夠有效提高航空運輸的運行效率。
　　上海自貿區還應充分發揮自貿區管委會作用，積極發展第四方航空物流，并全面實施環保航空物流管理，進一步營造寬松的政策環境。同時，引進和培養優秀的航空物流管理人才。