其中，集裝箱、外貿散雜貨裝卸作業，國際客運碼頭作業等勞務性收費，以及船舶垃圾處理、供水等服務收費，由現行分別實行政府指導價、政府定價統一改為市場調節，由港口經營人、船舶供應服務企業根據市場供求和競爭狀況、生產經營成本自主制定收費標準，堆存保管費繼續實行市場調節價。
此外，對內外貿集裝箱、散雜貨裝卸作業費，國際客運碼頭作業費等各類勞務性收費，由現行按作業環節單獨設項收費改為包干收費，綜合計收港口作業包干費。國際客運碼頭作業包干費統一由國際客運和旅游客運運營企業支付，不得再向旅客收取。
據了解，港口作業包干計費范圍為集裝箱、散雜貨在港口作業的全部過程。這一通知也簡化了港口收費項目，港口經營人應當將外貿散雜貨裝卸費等多個收費項目對應作業或者服務納入包干范圍一并計費。港口經營人不得在港口作業包干費、堆存保管費以外，對任何集裝箱、散雜貨港口作業單獨設項、另行收費。
