近年來，隨著嘉興港貨物吞吐量的快速增加，提升港口通關效率成為嘉興港急需解決的一個難題。對此，嘉興港從提升自身軟件與硬件兩方面工作著手，做好各項細化優化工作。在提升硬件方面，嘉興港采用了集裝箱查驗中的高新設備——H986集裝箱查驗設備，該設備對單個集裝箱掃描成像僅需7秒，日查驗能力達 2000標箱，投入使用以來貨物查驗放行速度提高30%，為企業節約物流成本近千萬元。2013年12月，嘉興港乍浦港區海關查驗中心正式投入使用，促使 H986查驗設備機檢入房、查驗平臺、查驗場地等相關配套設施得以整合，“一站式”服務有力推動了嘉興港通關效率的進一步提高。在提升軟件方面，嘉興海事局、邊檢站等部門實行5+2工作日和24小時工作制，目前，嘉興港乍浦港區的一期、二期碼頭已順利實現24小時進提箱工作。隨著嘉興港的通關作業無紙化與區域通關業務改革逐步深化，嘉興港已實現省內各地均可利用“杭州海關區域大通關平臺”經由嘉興港開展進出口的業務。同時，嘉興海關與寧波海關聯合推出“內支線虛擬船名航次”新舉措，使企業不再因航次臨時調整而無法享受提前報關的便利，從而進一步提升了通關速度。2013年嘉興港進出口貨運量首次突破800萬噸，同比增長23.7%，年吞吐量增幅已連續六年在長三角地區排名第一，在全國港口中也名列前茅。