作為世界上最早的自由港之一，1888年建立的漢堡自由港曾經是世界上最大的咖啡、可可、香料和地毯的轉運地之一。1895年基爾運河的鑿通連接了北海與波羅的海，更進一步提高了漢堡港的吸引力。1910年后，漢堡自由港再度擴張，原先以發展轉口貿易為主，后來逐漸拓展到綜合貿易，主要功能囊括了貨物中轉、倉儲、流通、加工和船舶建造。 
　　然而，隨著歐洲統一市場的不斷完善，歐盟內部大部分貨物實現了免稅流通，歐盟形成單一市場。歐盟內部統一關稅，關稅大幅下降，使自由貿易區的關稅減免作用降低。歐盟《里斯本條約》在2009年開始實施，所有進入自由貿易區的貨物在離港前24小時內都要進行登記，同時受到海關監管的保稅倉庫同樣具有保稅功能，這使得轉口貿易的企業無需依靠自由港就可以在海關保稅倉庫里實現保稅。
　　2013年1月1日，圍繞漢堡自由貿易區的圍欄全部拆除，9個進出關口全部取消，漢堡結束了它124年的自由貿易區的歷史，變成了歐盟海關的港口之一。