廣西自治區北部灣港口管理局從2016年1月1日起履行北部灣港口公共基礎設施規劃、建設和管理工作等職責。
　　
　　貨物港務費是廣西北部灣港公用基礎設施維護的主要資金來源，北部灣貨物港務費依據《中華人民共和國港口收費規則》征收，除外貿貨物港務費50%(稅后)返還碼頭所屬單位，用于碼頭及其前沿水域的維護外，其余由自治區本級財政按規定安排用于港口公用基礎設施的維護、管理支出。
　　
　　“十三五”期間，廣西北部灣港公用航道養護290.8公里，維護及安全管理支出計劃6.38億元，年均1.27億元。