2012年10月，舟山港綜合保稅區正式獲批建設，其目標是成為面向亞太地區、以大宗商品為主的綜合保稅區和舟山自由貿易港先行區。 
　　2014年1月6日，舟山港綜合保稅區本島分區配套碼頭首次獲批臨時開放。
　　2014年5月5日，裝載著2615噸金槍魚的基里巴斯籍“穩盈”輪靠泊該碼頭，這是舟山港綜保區接靠的首艘外國籍貨輪。
　　在該碼頭首次獲批臨時開放以來，依托于政策優勢，該綜保區的業務不斷拓展延伸，舟山檢驗檢疫局也開通了“綠色檢驗通道”。
　　據舟山檢驗檢疫局駐舟山港綜保區負責人龍彪介紹，2015年，綜保區連續引進冰鮮魚、紅酒、皇刺龍蝦等多項首次進口業務，來自日本、美國及非洲、東南亞等多個國家和地區。
　　數據顯示，2015年1-12月，舟山港綜合保稅區本島分區配套碼頭共接靠國際航行船舶360艘次，同比增長362%；共接進口集裝箱2463標箱；共檢驗檢疫入境貨物418批次，貨值1.73億美元，批次和貨值分別較同期大幅增長214%和158%。
　　如今，該碼頭獲交通運輸部批復，同意國際航行船舶繼續臨時進靠，期限延長至2016年7月6日。這也是該碼頭第五次獲臨時開放資質。
　　另悉，檢驗檢疫部門正積極支持綜保區籌建進口肉類指定口岸、開拓銅金礦業務和設立電子商務儲備倉庫等項目。