南京港龍潭物流園區總體規劃面積約為7.58平方公里，分期實施。一期工程的開發為現有龍潭集裝箱港區一期工程后方約1平方公里的區域，啟動資金約2億元。 園區沿疏港路南側成帶狀布置，以三江河為界，分為東、西兩大功能片區。東部為臨港加工工業區，區內布置為工業區配套的綜合服務區；西部為物流作業區，采取對稱布局的形式，以興隆路為軸，中部安排為物流配套的綜合服務區，兩側依次設為專業物流、集裝箱輔助作業和流通加工等功能區，在西端靠近規劃的鐵路站場則安排多式轉運功能區，在東端緊鄰的三江河布置為近期啟動配套的管理服務中心。 根據龍潭物流園區的區位條件及腹地支柱產業的布局，龍潭物流園區的功能定位為：依托龍潭港，以建立適應跨國公司全球戰略的國際物流體系為目標，以區域性的儲運、中轉、分撥、包裝為基礎，兼顧本地區物流配送，并大力發展原材料、產成品兩頭在外的臨港工業，成為長江三角洲北翼國際物流節點，輻射安徽、蘇北、長江中上游、寧西鐵路沿線等地區。 按照南京市政府批準的規劃，龍潭物流園區的具體范圍是：東至過江公路、北沿疏港公路、南抵臨港路，總占地7.36平方公里。 園區開發遵循“一次規劃、分步建設”的原則，一期工程投資4.49億元，重點完成集裝箱碼頭后方1平方公里的征地拆遷和七通一平工程，建設拆裝箱庫10200平方米、公共保稅倉庫16200平方米、公共物流中心17400平方米、堆場10萬平方米以及2萬平方米的綜合管理辦公大樓。園區一期還將引進海關、商檢等口岸管理部門，以江蘇省國際經貿EDI系統為平臺，建設與口岸管理部門相銜接的電子數據交換系統和園區物流業務的綜合管理平臺，為國際物流企業和出口加工企業提供方便的進出口管理配套服務。