據海關統計，首季度深圳港進出口集裝箱吞吐量達380萬標箱，同比增長12.5%，其中進口178萬標箱，增長9%，出口202萬標箱，增長15.8%，穩居世界第四大集裝箱港。其中鹽田港集裝箱吞吐量為183.2萬標箱，增長11.8%，單港吞吐量繼續居全國首位。 
        以深圳鹽田港為例，港區投入運作的泊位共11個，在建的三期集裝箱碼頭擴建工程建成后，年吞吐能力將再增加370萬標箱。同時，鹽田國際碼頭岸吊操作效率達到35吊次/小時，平均船舶操作效率達到150吊次/小時，達到世界先進水平，吸引世界排名前20位的船務公司在深圳設立辦事處，并已形成覆蓋世界十二大航區主要港口的國際班輪網絡。 
        此外，據企業統計，國家在深圳試行「入倉即予退稅」新政策后，出口企業資金周轉利用率提高了15%以上，提高了出口企業的積極性。2006年開始實施的《海關對出口監管倉庫及所存貨物的管理辦法》允許出口監管倉開展流通性增值業務，更有力促進港口物流業及配套產業的發展。 
        同時，深圳海關推進了海運通關模式改革，實行智能化集中查驗。目前，該關已在鹽田港區建立封閉式查驗中心，蛇口港區前海灣集中查驗中心正在抓緊建設中。新的海運集中查驗模式使監管效能得到明顯提升，查驗能力由120柜/天增至500柜/天，查驗當天放行率達92.8%，降低了企業通關成本。