鹽城海關駐大豐港辦事處于2006年6月13日經國務院批準設立, 2007年7月南京海關同意設立“大豐港海關監管區”和辦事處的內設機構。為了加快通關速度,大豐港經濟區專門成立了口岸聯檢大樓建設小組,全面負責聯檢大樓的土建、裝修、監督、管理、協調等工作。從而提高了工程質量,保證了時序進度,加快了與海關設施相配套的港口軟硬件建設,建成了海關監管區,組建了海關監管大隊,開通了海關所有網絡專線,設置了全國唯一的關別代碼和海關監管現場地代碼。在此期間開通了韓國仁川至大豐港的國際班輪,從9月23日大豐港首航國際班輪至今,共進出境船舶13航次,集裝箱1246標箱,貨物近6000噸,其中兩個航次是從日本啟運的散貨船。2007年12月3日,國家海關總署發文同意鹽城海關駐大豐港辦事處正式對外辦理海關業務,業務管轄范圍為大豐市。年底前,大豐港還將開通至韓國木浦的國際班輪,開通至上海的內支線。