2007年起，國際航行船舶電子管理系統在南通口岸正式全面推廣。該系統的全面實施使國際航行船舶進出境的報檢、查驗、放行等一系列環節將全面實現電子化。此舉可極大限度地節約了出入境船舶的滯港時間。

據南通檢驗檢疫部門介紹，國際船舶電子管理系統是由江蘇檢驗檢疫局耗時三年研發成功的。該系統涵蓋了船舶進出口岸檢疫查驗、監督的各個環節，船舶代理人員足不出戶便可以完成進出境船舶的報檢，檢疫機關核準并查驗合格后即可通過該電子管理系統予以放行，在嚴格把關的同時，加快了通關速度。據悉，該系統已受到國家質檢總局的肯定并將在全國范圍內推廣。