閩臺兩地地理位置優越，港口資源十分豐富，物流需求旺盛，港口發展不均衡。從國家總體發展戰略出發，閩臺亟需共同合理開發利用港口資源，建設港口群，構建物流網絡，對接主要臨港產業，推進臺灣海峽港口協同發展。 

　　臺灣海峽港口群建設。隨著海峽兩岸交流合作的不斷加深，以及未來互動的良性發展和兩岸直接“三通”，有利于閩臺充分利用臺灣海峽的戰略通道作用，聯手共建以廈門、高雄2個主樞紐港為中心、以福州、基隆2個區域性重要港口為次中心，以泉州、莆田、漳州、寧德、安平、布代、臺北、臺中、花蓮港區域性一般港口為補充的臺灣海峽港口群，建設成為服務海峽東西岸、中西部以及亞太地區的我國東南沿海港口群，亞太地區最重要的轉運核心港口群、國際航運中心。 

　　臺灣海峽港口物流網絡體系構建。閩臺在港口物流功能的對接合作領域、物流網絡體系建設有著廣泛的基礎。利用港口作為物流鏈中的核心、樞紐地位，采用“以線串點，以點帶面”的戰略措施，構建以福州、廈門、高雄、基隆綜合物流樞紐中心為核心，以泉州、莆田、漳州、寧德、臺北、臺中區域物流樞紐中心為輔助的多功能、多層次、強集散、廣輻射范圍的臺灣海峽港口物流網絡體系。不同層次的物流中心密切協調并各有側重地把物流鏈中的某個節點做好、做強、做大，特別是發揮福建地處海峽西岸中心地位的優勢，把福建建設成為兩岸港口物流交易的一個重要銜接點或橋頭堡以及擴散與輻射基地。 

　　閩臺主要臨港產業對接。根據臺灣“中華經濟研究院”關于“兩岸產業競爭趨勢分析”的研究報告，未來臺灣將在三個關鍵產業加強與大陸建立分工合作模式，即鋼鐵、化學工業與大陸建立“生產垂直分工體系”，在電子通訊、紡織工業與大陸建立水平分工體系，在機械產業與大陸建立“技術互補分工體系”，在汽車工業與大陸建立“市場區域分工”體系。這些產業也是《福建省“十一五”閩臺產業對接專項規劃(2006-2010年)》主要領域和重點方向。在閩臺項目投資合作已呈現緊密態勢的基礎上，產業合作的進程將進一步加快，因地制宜，優化配置，著力推進臨港工業、生產性服務業對接，共建臺灣海峽臨港產業帶。