2007年，深圳鹽田港進出口集裝箱吞吐量首度突破1000萬標箱大關，單港集裝箱吞吐量穩居全國首位。 
　　據介紹，為主動適應港口業務量快速增長的需求，深圳海關推進了多項業務整合創新，促進港口發展。該關大力推動區域通關改革，推動鹽田港海鐵聯運、水路轉關業務發展，“屬地申報、口岸驗放”通關業務已拓展至內陸多個省份，有力促進區域經濟發展。同時，該關通過推行集中查驗改革，實行進口貨物提前申報，優化國際中轉和空箱快速驗放操作流程，全面提升通關效率。該關還升級完善出口監管倉信息管理系統，進一步優化保稅物流園區通關環境和業務結構，實現港區后方倉儲貨物信息流、單證流、實物流“三位一體”聯動管理。該關啟動的機檢查驗改革實現了設備操作維護與圖像分析、實際查驗的有效分離，實行的進口重、空箱提前過機，進一步提升了海關對進出口物流的綜合監管效能。