據統計2007年福建省完成港口貨物吞吐量2.39億噸，完成集裝箱吞吐量686萬TEU。目前福建省正全力推進“兩集兩散”港區建設，即推進廈門港和福州港江陰港區為主的兩個集裝箱運輸中心、湄州灣和福州港羅源灣兩個散貨轉運中心建設。廈門港海滄和福州港江陰兩個保稅物流園區，也在加緊推動建設中。預計到2011年后，隨著向（塘）莆（田）鐵路等出省新通道的建成，福建通過港口資源拓展經濟腹地的成效將更為明顯。到2012年福建省港口貨物年吞吐量將突破4億噸，其中集裝箱年吞吐量超過1500萬TEU，形成廈門、福州、泉州3個億噸大港。