洋浦保稅港區批準設立后，進入港區的船舶量將大大增加。省交通廳水運處處長黃飛舟委員建議，抓住這一機遇，在洋浦保稅港區設立“方便旗”登記，實行國際船舶登記制。
　　黃飛舟在提案《關于在海南洋浦保稅港區設立國際船舶登記制的相關情況分析及建議》中說，據交通主管部門的最新統計資料，我國國際海運船隊懸掛“方便旗”經營占總噸位的56%，而在境內登記，懸掛五星紅旗的船舶占總噸位的44%。這么高比例的中資境外“方便旗船”不利于我國航運事業發展，也使國民經濟安全受到威脅。
　　黃飛舟認為，海南是海洋大省，洋浦保稅港區的設立，實現了保稅區與港口的合二為一，將保稅區的政策優勢與港口的區位優勢結合起來，基本上具備了對從事國際海運的中資方便旗船舶實行回歸保稅登記的時機和條件。因此，黃飛舟建議，要抓住這一機遇，向交通部提出申請在洋浦保稅港區內設立中資方便旗船舶保稅登記機構，實行國際船舶登記制，有效吸引在境外從事國際海運的中資方便旗船舶回國登記。這將會大大推進實現“環北部灣最開放的航運中心”目標的時間和進程，同時給保稅港區一筆不小的收入，提高對洋浦保稅港區的知名度，加強洋浦保稅港區乃至我省的海運實力。