亞馬遜網上書店創立時候，在訂單履行管理方面形成核心競爭力，這種商業模式基本特征是“零庫存”，網上書店接到訂單，直接向出版商或者分銷商定購產品，直接給顧客發貨，亞馬遜不承擔庫存，因此沒有風險，成本很低，因而能夠給予的折扣很高，整合的出版商分銷商越多，產品就更豐富，所以就能夠獲得更多訂單，實現更大規模效應。
亞馬遜初期的供應鏈和業務流程都是根據商業模式設計的。
但是亞馬遜發現，這種方式無法對供應鏈、顧客購買信息和伙伴之間的業務進行足夠控制。
例如，顧客下一購買10種產品的訂單，這些產品需要向5家供應商定購，這個交易是很復雜的。亞馬遜給客戶選擇權，顧客可以選擇分5個交貨單分別交貨，則5家供應商分別給這個顧客發貨； 顧客也可以選擇只接受一個交貨單（假設他是為了把10件產品組合成一件生日禮物），則需要5家供應商先把貨發到一個配送中心，整合成一個訂單之后發出。后一種情況顧客只支付一次運費，但是對于亞馬遜來說，負擔的成本卻要高很多。
顯然，這種業務需要的物流網絡是非常復雜的，也是非常獨特的，從信息系統到運作特點。亞馬遜決定投入巨資建立自己的實物資產網絡，并因此成為物流專家。1999－2003年之間，通過自動化和對提高生產率管理最佳實踐的不斷努力，亞馬遜的物流生產率提高了三倍，運營成本由原來營業收入的將近20％下降到10％以下。如此卓越的績效，讓亞馬遜開辟了在線訂單管理服務，為其他電子商務公司管理網上訂單的交貨業務。如玩具反斗城等。
亞馬遜本身的商業模式也在調整：不再完全追求零庫存，而是該用混合方式：對于需求高的產品，亞馬遜持有大量庫存；對于需求低的產品以及那些無法有效利用倉儲空間的、體積龐大或者無規則形狀的產品，則交由合作伙伴管理庫存。
對于上述所說一個客戶訂單需要多家合作伙伴滿足的情況，亞馬遜使用了很復雜的算法，來規劃產品的庫存水平和庫存地點，以盡量減少這種中轉發運，同時不斷提高這種算法的精度（從滿足訂單需要出發，即使產品庫存完全由合作伙伴承擔，亞馬遜也需要對庫存水平庫存地點進行管理的）。當然，告訴客戶集中訂單所有產品一次發運需要多支付運費，或者分別接收訂單可以減少運費也是一種很好的辦法。