第一大瓶頸是中小物流企業(yè)的信息化程度很低。主要原因是大多數(shù)系統(tǒng)的成本較高，而中小企業(yè)的起點(diǎn)很低，市場(chǎng)上缺少適合中小企業(yè)起步的信息系統(tǒng)。而多數(shù)開(kāi)發(fā)商認(rèn)為，物流信息系統(tǒng)市場(chǎng)在低端不具備開(kāi)發(fā)價(jià)值。  
    第二大瓶頸是我國(guó)物流信息化缺乏擁有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的信息系統(tǒng)。目前國(guó)內(nèi)的研發(fā)能力與國(guó)際同行還存在一定差距，物流信息系統(tǒng)的標(biāo)準(zhǔn)較為混亂，不成體系，難以實(shí)現(xiàn)互聯(lián)互通和信息共享。當(dāng)今中國(guó)相對(duì)成功的電子商務(wù)網(wǎng)站僅完成了信息發(fā)布和網(wǎng)上議價(jià)過(guò)程，而針對(duì)生產(chǎn)、倉(cāng)儲(chǔ)、運(yùn)輸、支付等相關(guān)物流范疇的網(wǎng)絡(luò)信息建設(shè)，卻極為滯后。對(duì)物流而言，價(jià)格確定畢竟不是結(jié)束，而是開(kāi)始。誰(shuí)解決了網(wǎng)上物流、傳統(tǒng)物流和網(wǎng)上交易三者之間的協(xié)調(diào)配合，誰(shuí)就將成為未來(lái)網(wǎng)絡(luò)經(jīng)濟(jì)的真正主導(dǎo)者。  
    第三大瓶頸是軟件開(kāi)發(fā)商難以贏利。物流軟件是管理軟件，需求的個(gè)性化和生產(chǎn)的批量化難以統(tǒng)一，因此造成開(kāi)發(fā)成本極高。解決這個(gè)問(wèn)題的關(guān)鍵是如何規(guī)范信息技術(shù)和開(kāi)發(fā)的模式，加強(qiáng)咨詢服務(wù)，以滿足企業(yè)個(gè)性化需求。雖然"網(wǎng)絡(luò)物流"軟件設(shè)計(jì)的進(jìn)入門(mén)檻很高，但是一旦進(jìn)入，獲利空間是非常大的。  
    第四大瓶頸是提供基礎(chǔ)信息和公共服務(wù)的平臺(tái)發(fā)展緩慢。GPS（全球衛(wèi)星定位系統(tǒng)）、GIS（地理信息系統(tǒng)）技術(shù)服務(wù)在大型企業(yè)的應(yīng)用為23％，在大型物流企業(yè)的應(yīng)用僅為12.5％，在中小企業(yè)基本是空白。基礎(chǔ)技術(shù)服務(wù)應(yīng)用比例過(guò)少，整個(gè)行業(yè)的整合就相對(duì)困難。  
    第五大瓶頸是物流信息化發(fā)展戰(zhàn)略暫屬空白。我國(guó)的物流信息化發(fā)展還需要一個(gè)培養(yǎng)人才、培養(yǎng)需求、培養(yǎng)管理技術(shù)的過(guò)程，但多數(shù)系統(tǒng)開(kāi)發(fā)商缺乏戰(zhàn)略眼光，未提出我國(guó)物流信息化長(zhǎng)期發(fā)展的戰(zhàn)略目標(biāo)。