臺灣基隆港務局為落實香港、澳門籍船舶進出基隆港（含蘇澳港、臺北港）及在港口停泊期間懸旗方式，特訂定基隆港務局處理香港、澳門籍船舶進出港懸旗作業程序。  　　該局是依據“香港澳門關系條例第24條及”交通部1997年6月30日交航86字第004953號函“臺港海運商談紀要”，通告各輪船商業同業公會、船務代理商業同業公會，轉知各營運人、運送人及船長，香港、澳門籍船舶應遵守前項規定。 
　　香港、澳門籍船舶自進港至出港期間，在船艉旗桿，只懸掛特別行政區區旗；在船舶主桅桿，暫不懸掛旗；該期間還可懸掛各自的公司旗和信號旗，引水人于登輪引領時，發現有船舶未依規定懸旗者，應要求船長改善后始予以引領進港，并通知船舶交通管制臺（VTC塔臺）轉航政組（港航課）。 
　　船舶交通管制臺（VTC塔臺）發現有船舶未依規定懸旗者，應要求船長改善后始同意進港，并通知航政組（港航課），船舶停泊期間，現場作業單位有發現未依規定懸旗者，應即要求船長改善，并通知航政組（港航課），航政組（港航課）接獲相關單位通知后，必要時得請求港務警察局會同協助處理。