隨著上海國際航運中心建設步伐的加快，上海口岸的發展日新月異，特別是國際集裝箱運輸的發展發生了翻天覆地的變化。
　　在整個國際航運服務體系中，包括了金融保險、貿易通關、船舶經紀、理賠擔保、航運融資、海事商檢、海關監管、法律仲裁等方面。國際航運中心綜合功能，具體是指圍繞為船舶、為貨物提供全方位的服務。這個服務當然要突出貨物在經濟的條件下的快速集散，但是如何在保障安全的前提下實施貨物的快速集散，以下幾個方面需要認真思考。
　　船舶通航安全
　　長三角經濟發展龍頭地位和通過水路連接腹地的地理位置決定了長江水道和支線水網的繁榮程度。據統計，2008年上海引航站引領掛靠上海港和通過長江口航道的船舶超過61870艘次（小型船舶、自引船舶除外），按照年365天計算，平均每天達到169.5艘次。這些數據說明該水域通航的繁忙程度，也突出了船舶通航安全的重要性。
　　就氣象條件來說，上海港地區夏季是防抗臺風的重點區域，春秋季節是濃霧多發時節，冬季易受周期性寒潮大風襲擾，一年四季中船舶的通航條件易受不良氣象所干擾。
　　就船舶的通航條件來說，洋山深水港區和長江口深水航道的建成、長江口航道定線制的實施、水上交通管理監控等，在很大程度上解決了船舶，特別是大型、深吃水船舶的通航問題。但是漁船和小型貨船的密集程度，以及搶占主干航道的現象，依然困擾著大型船舶的通航安全。操作性受到限制的大型船舶，在主干航道中艱難地避讓小船，依然是令船長和引航員們十分頭痛的事，特別是在船舶同時還受到潮流或者受到不良氣象條件的影響時。
　　綜上除了惡劣的氣象影響外，如何整肅和規范船舶的通航秩序，也應該是上海國際航運中心水上交通安全和實現和諧通航的首要條件。世界上有如同美國和加拿大之間的胡安-德富卡海峽、香港水道、德國易北河水道、東京灣水道等船舶通航密集程度很大的水域，他們的管理經驗或許我們可以得到啟發和借鑒。如：制定和實施嚴格的通航管理規章和制度，根據船舶的類型、大小劃分不同的通航分道；交管中心隨時保持嚴密監控，一旦發現船舶間可能形成緊迫局面時，立即對相關船舶進行警示，督促船舶及早采取有效的規避動作，防止事故的發生。同時，交管中心會根據船舶類型、航速、吃水等情況進行綜合考慮后，決定相關船舶的優先通航權，并事先通知有關船舶。這樣，不僅有關水道的通航安全有了基本的保障，而且還提高了運轉的效率。
　　強化通航管理的目的不僅僅是為了避免事故的發生，同時還能提高港口、船舶的運轉效率。事實上，由于長江口的自然條件限制、眾多大小船舶通航密度極高和多數船舶（特別是小型船舶）不遵守規定隨意航行、捕撈等共同影響，極易造成大型干線集裝箱班輪不能按時順利通過長江口航道。除去因可能發生事故產生的有形損失外，長年累月因延誤、甚至不能按時靠離泊給船公司、碼頭裝卸公司等造成的無形損失也不能忽略，這也是建設上海國際航運中心要面對的問題之一。
　　危險貨物安全運輸
　　如何在目前的管理模式上進一步強化監管，確保危險貨物的運輸安全，是上海國際航運中心建設中需要深入研究和考量的課題。
　　由于貨物的特性，決定了危險貨物的運輸必須得到嚴格的監管。監管的前提就是發貨人必須履行法律規定的如實申報和告知義務。對現實危險貨物事故最大的成因之一的瞞報、錯報，實行貨物海關報關的同時進行危險貨物運輸申報（海事申報）合署辦公制度，是一個有效監管、防止危險貨物瞞報、錯報的辦法。
　　加強執法和處罰力度。應該說，我國政府和各主管機關針對危險貨物運輸安全已經制定了較為詳盡的法律法規和規定規章，但危險貨物運輸的安全狀況仍不容樂觀。以上海港為例，每年發生的危險貨物瞞報、泄漏等事故都在百起以上，且沒有減少的跡象。究其原因，執行和處罰力度不夠是很重要的原因之一。違規瞞報危險貨物、不按要求進行危險貨物集裝箱裝箱、使用不符合要求的劣質包裝材料等形成隱患、甚至直接引發事故的責任人往往得不到應有的處罰；有關責任單位（人員）或改換門庭，繼續在同行業的其他單位進行類似的違法違規行為，使得危險貨物運輸安全局面始終得不到保障。建議相關主管部門制定或完善規定，從事危險貨物申報、集裝箱裝箱檢查人員除了具有相應資質外，還要以實名制從事相應業務，如果一旦發生一定數量的違法違規行為后，終身取消其從事類似職業的資格，讓這些人有所敬畏，為違法違規行為付出代價。
　　監管的“堵與疏”。有關危險貨物運輸的法律、法規應當得到嚴肅執行的同時，但由于人員素質方面存在的問題，造成瞞報運輸危險貨物的事件不斷發生，已經成為了海事部門對船運危險貨物監管的難點。這個問題如何得到有效的解決，事關重大。政府主管部門和企業都有一個“堵與疏”的關系和“監管與被監管”的關系，應當正確處理好這兩個關系，在引導依法行政和守法經營方面有所建樹：
　　一要，加大宣教力度，倡導守法運輸。廣泛、持久地深入宣傳，反復闡述遵守經營的重要性以及違法的嚴重后果和法律責任；
　　二要，對違法、違章行為的查處要有震懾力，對事故責任的處罰要落到實處，以維護法律、法規的嚴肅性；
　　三要，持續開展專業知識的培訓工作，幫助社會建立有效的防范體系。
　　突發事件處置能力
　　就上海港區域目前的條件來說，各種救助設施和力量是相當強大的，如何將這些分布在各個行業的力量迅速地集中起來，能夠迅速地投入應急搶險，也是上海國際航運中心建設要解決的一個課題。根據《中華人民共和國突發事件應對法》、《中華人民共和國安全生產法》、《生產安全事故應急預案管理辦法》等有關法律、法規，突發事件的處置能力是減少損失的重要環節，對上海國際航運中心而言是必須要具備的能力之一。
　　一要，建立可靠、有效的應急指揮體系；二要，建立可靠、有效的通訊聯系和報告制度，并認真嚴肅地執行事故報告制度；三要，針對貨物的特性（特別是危險品類貨物發生事故）、惡性的船舶碰撞/污染事故的特性，建立應對各類事故的《應急預案》。同時，有序地開展針對性的演練；四要，進行搶險的人力（特別是搶險專家型指揮人員）、物力等方面的儲備。