2008年12月31日，在經過一年多的運行之后，廣州港南沙港區二期工程通過了由交通運輸部組織的竣工驗收。交通運輸部副部長徐祖遠出席驗收大會并向廣州港集團有限公司董事長陳洪先頒發竣工驗收鑒定書。 
   　 廣州港南沙港區二期工程項目總概算近48億元，建設規模為新建6個5萬噸級集裝箱專用泊位以及相應配套設施，碼頭水工結構按靠泊10萬噸級集裝箱船舶設計，設計年吞吐能力為240萬標準箱，碼頭岸線長度2100米，港區陸域縱深1178米。工程于2005年2月正式動工，2007年9月20日前建設完成并通過交工驗收。 
    　南沙港區二期由廣州港集團有限公司與中遠太平洋有限公司合資建設運營，馬士基公司參股其中。目前，南沙港區二期已開通了多條國內國際航線，運營以來累計完成吞吐量258萬標準箱。其中，2008年完成約200萬標準箱，成為廣州港2008年集裝箱吞吐量突破1000萬標準箱的重要力量。