財政部日前發出通知指出，自2008年12月15日起，對臺灣航運公司從事海峽兩岸海上直航業務在大陸取得的運輸收入，免征營業稅。
　　 
　　通知同時指出，對臺灣航運公司在2008年12月15日至文到之日已繳納應予免征的營業稅，從以后應繳的營業稅稅款中抵減，年度內抵減不完的予以退稅。
　　 
　　自2008年12月15日起，對臺灣航運公司從事海峽兩岸海上直航業務取得的來源于大陸的所得，免征企業所得稅。享受企業所得稅免稅政策的臺灣航運公司應當按照企業所得稅法實施條例的有關規定，單獨核算其從事上述業務在大陸取得的收入和發生的成本、費用；未單獨核算的，不得享受免征企業所得稅政策。