在洋山港試點啟運港退稅政策，是上海建設國際航運中心方案里重點爭取的政策之一。  　　所謂啟運港退稅政策，以洋山港為例，是指國內貨物只要確認離開啟運港口發往洋山港中轉至境外，即被視同出口并辦理退稅。出口退稅是中國一項重要的外貿補貼政策，目前中國對報關離境以及進入海關特殊監管區域的出口貨物實行出口退稅。 
　　上海積極爭取這項政策，是希望為洋山港吸引更多的中轉量，尤其是爭取部分直接發往釜山等境外港口的貨源。 
　　2005年12月，洋山港成為當時國內首個保稅港區。但其后數年，天津、大連、海南洋浦等港口相繼成為中國的保稅港區，上海的先發優勢已然不再。眼下，上海對洋山港爭取到啟運港退稅政策寄予厚望。 
　　上海港務局人士曾表示，目前中國北方的船只一般到可以享受到退稅政策的韓國釜山進行中轉，而若洋山港爭取到啟運港退稅政策，不惟中國北方的船只會首先到洋山港進行中轉，原來從香港、新加坡中轉往美國的東南亞港口的部分集裝箱貨源，也有機會選擇上海港作為其中轉樞紐港。 
　　不過，國內亦有多個港口城市正在爭取啟運港退稅的試點政策。 
　　天津市今年3月中旬下發的《天津東疆保稅港區綜合配套改革三年實施方案》（2008－2010年），即已明確表示天津東疆港將實施啟運港退稅政策。此前，大連、青島、重慶等多個港口城市也都通過官方渠道表明正在爭取這項政策。 
　　目前，國家層面還未對啟運港退稅政策予以公開回應或批復，而據《財經》記者了解，現在海關總署、國家稅務總局、商務部以及財政部等相關部門正在研究這一政策。 
　　但對啟運港退稅這項政策的實施效果，業內亦存在質疑。 
　　一位上海海關人士表示，這一政策若能實施，最直接的效果就是加快貨主獲得退稅的時間流程，有利于企業的資金流動。但他認為，如果不考慮金融危機及其他急需籌資情況，常規情況下，相當部分的貨主對退稅時間的要求也并沒有那么迫切。 
　　上海交通大學中美物流研究院院長助理趙一飛也表示，隨著中國加入WTO，根據WTO相關規則的要求，中國的退稅率普遍不斷下降，在這樣的背景下，啟運港退稅政策的價值將不斷縮水。 
　　此外，據趙一飛介紹，很多情況下，貨物從哪里出境，主要是由國外買家指定，并在買賣合同上予以體現，國內能夠獲得退稅的貨主，其實在這個問題上的話語權相對較小。 
　　由于牽涉到海關和國稅等相關部門跨地區的協調作業，啟運港退稅政策的可操作性，業內仍有爭議。 
　　外交學院一位國際法專家認為，一旦退稅，如何保證貨物事實上最終出境，這給監管部門帶來新的挑戰。趙一飛也舉例表示，太倉到洋山港，可能是外貿航線，也可能是內貿航線，到具體操作的區分上，會有一定的監管漏洞，如果要實施啟運港退稅政策，首先必須準備好相關的風險防范方法。 
　　國家稅務總局總經濟師董樹奎就曾在大連一次會議上發言稱，對保稅港區出口的貨物實行在啟運港退稅，是一種全新的做法，國內外都沒有現成的經驗可循，對稅務部門和出口退稅管理工作都提出了更高的要求。其可能產生的后果以及監管上的風險，目前難以預料。 
　　董樹奎表示，國家稅務總局對此的想法是：既要積極，又要慎重；既要有利于促進保稅港區的發展，又要有利于出口退稅和海關監督管理，避免產生管理上的漏洞。