東星航空被勒令停航后，重組行動即陷入僵局，最終會被進行破產清算。目前已有6家債權人向武漢市中級人民法院申請執行破產清算法律程序，法院已凍結了東星航空旗下16個賬戶。 
據安永會計事務所的審計結果顯示，東星航空拖欠飛機租賃費、機場起降費、航油費、保險費數額巨大，僅欠武漢天河機場停機費已達6000萬元（人民幣、下同），虧損已達5億元左右，并有100多名機師和空中服務員從去年12月起未發小時費，另外三個基地1000多名地面員工從今年1月起未發工資。武漢市政府負責人表示，由于東星出現巨額虧空會危及航空安全和影響員工利益，加上有關債權人已采取法律措施，因此請求中國民航暫停東星航班經營許可，并迅速調集4家航空公司多架飛機臨時執飛東星停飛的航線，為旅客辦理退票、改簽等事宜。不過，即使東星已停航，每天凈支出費用仍近100萬元，目前該公司已到賬和可收回的資金約320萬元，急需開支卻達2000多萬元，其中4家航空公司代為執飛的5天成本已費近千萬元。