新醫改配套方案即將出臺，市場預期醫藥行業將迎來一輪大發展，也將促使醫藥流通企業加速整合。中投顧問醫藥行業研究部分析師許玲妮認為，新醫改將引發醫藥流通企業的洗牌和整合，中小型醫藥流通企業弱勢地位更加突出，轉型調整在所難免。

　　2009年1月，衛生部等六部委已經聯合出臺《關于進一步規范醫療機構藥品集中采購工作的意見》(簡稱《意見》)，在該《意見》中明確提出，全面實行政府主導、以省(自治區、直轄市)為單位的網上藥品集中采購工作。《意見》中還提到，在招標過程中，藥品集中采購由批發企業投標改為藥品生產企業直接投標。按照最新的政策，在負責招標的部分，流通企業被排除在外，而招標完成后，從生產企業到醫療機構，中間只能經過一家配送企業。

　　2009年3月13日正式發布的《物流業調整和振興規劃》中就明確提出：實行醫藥集中采購和統一配送，推動醫藥物流發展。值得注意的是，醫藥物流第一次明確作為物流業的分支在全國性的正式文件中提出。

　　許玲妮指出，由于生產企業直接面對終端的政策規制，客觀上加強了生產企業在與流通企業博弈中的優勢，提高了生產企業在藥品流通中的地位;而流通企業處于夾縫中生存的狀態，在博弈中的地位將會下降。流通中間環節將大幅減少，使得藥品流通市場份額將大幅壓縮。流通企業惟一的出路就是做大做強，成為生產企業不得不依靠、醫療機構不得不利用的中間環節。資金雄厚的大企業必將大力擴張、拓展渠道，而小企業被生產廠家選為配送企業的幾率極小，可能面臨被淘汰的命運。

　　據了解，醫藥流通企業的巨頭已經開始提前布局全國。2009年2月，國內醫藥流通領域排名第一的國藥集團復星醫藥向國藥投資有限公司注資6億元，以構建其在全國的分銷網絡。而國內最大的民營醫藥商業企業九州通集團，也正加緊布局全國。九州通集團計劃三年內在全國范圍內逐步建立15家子公司、100家二級配送中心、5000家連鎖零售店。上海醫藥2月26日發布公告稱，公司決定投資4500萬元以川橋路1065號地塊為基礎建設上海醫藥現代物流中心浦東分中心。

　　據中投顧問統計，我國藥品流通業現有醫藥批發企業1.2萬余家，企業規模普遍較小，年銷售額超5000萬元的只有500余家。醫藥流通企業前三強占醫藥市場銷售總額的19.2%。而在成熟市場上，醫藥商業行業的集中度相當高，如美國的醫藥流通企業前三強的市場份額為96%，日本前三強則是70%。

　　中小型醫藥流通企業應該如何應對新醫改，如何應對大型企業的大舉擴張?中投顧問分析師許玲妮認為，中小型醫藥流通企業有兩條路可以選擇，一是轉攻大型企業覆蓋不到的農村醫療市場。在我國農民占主體和政府著力改善農民醫療水平的形勢下，農村醫療市場未來這是一個很大的市場。另外一條路是主動并入到大型企業的網絡中去。當然，被淘汰也是一部分企業的必然命運。她還指出，中小型企業短期內不會受到太大影響，因為醫改對醫藥流通行業的影響是慢慢體現的，不會是劇烈的變革，畢竟眾多的中小企業在解決就業方面貢獻較大，如果行業集中度的提高速度過快，可能會對社會造成一定程度的沖擊。