電子商務的突飛猛進，使物流公司業務量激增。但由于與傳統業務是完全不同的類型，物流公司也面臨著諸多挑戰。按照申通快遞市場總監夏祖彬的觀點，這種挑戰主要是成本壓力。大城市的出貨量加大，小城市的派送量劇增，進出比例差距過大，使網點不堪重負，營運成本直線上升；住宅用戶的增多，導致派送成本增加；此外，個性化投遞需求增多(如夜間投遞增多)，服務時間延長，也導致服務成本上升。 
電子商務所帶來的挑戰，最終還是要用電子商務的方式解決。 
物流公司的服務往往被認為是電子商務產業鏈中的線下服務商。實際上，物流公司要想在電子商務領域分得更多的市場份額，就不能僅僅滿足于線下服務商的角色。以申通快遞為例，從2007年8月到2008年12月，淘寶網上的日均業務量從6萬單增加到50萬單。之所以有這樣的增長速度，很重要的一個原因是，申通把自己的服務與電子商務特性無限地靠近。 
申通開發了適合電子商務物流運作的IT系統，并與電子商務企業對接，信息實時傳輸。淘寶網上所有的訂單信息經過這個系統處理后，分派到遍布全國的服務網點，整個過程不超過1分鐘。 
另外，買家只要在淘寶網通過他所購買商品的訂單頁面點擊，就可以直接查詢到相關的物流信息，隨時了解物流狀態，不必再到申通自身的網站去查詢。申通在接單后的物流營運操作，都在同一平臺下完成。申通自身的系統與淘寶網的系統對接，全部理賠都在網上完成，客戶能及時收到他們的賠款，整個過程不超過7天。 
基于電子商務的物流服務的快速發展，其本質是通過互聯網及其技術，為消費者提供配送服務或者改變某種消費模式而推出全新的物流服務產品，因此物流企業與電子商務企業IT系統的整合將是其成長的核心，其中包括實時數據傳輸、財務系統、CIM等系統的對接，線上的業務只有充分地利用線上的手段才能最大程度地降低成本、提高效率。