2009年3月份，廈門港對臺海上直航集裝箱吞吐量完成2.38萬標箱，環比增長18.4%。
3月份，廈門港共有8家公司7條船舶投入對臺集裝箱運輸，共計運營71航次，其中，廈門－高雄線開航63航次，運載集裝箱15693標箱，其中進口箱量為7319標箱，出口箱量為8374標箱；廈門－基隆線開航61航次，運載集裝箱4036標箱，其中進口1221標箱，出口2815標箱；廈門－臺中線開航43航次，運載集裝箱2914標箱，其中進口箱量為2296標箱，出口箱量為618標箱。
自兩岸海上直航運輸啟動以來，廈門港地緣優勢由潛在變為顯在，省時、省錢，大大降低了航運物流成本。此外，為幫助企業應對金融危機，廈門港口管理局積極開展在廈臺資企業調研，針對性幫助企業解決當前面臨的困難，并推動廈門市政府出臺扶持鼓勵政策，推動對臺直航運輸業務穩步發展。一季度，廈門對臺集裝箱吞吐量完成8.3萬標箱，占福建省對臺直航集裝箱運輸量的58%以上。