按照建立兩岸人民交流合作先行區的要求，廈門港將著力發展四種對臺航運模式，加強兩岸港航業界的全面對接，推動兩岸航運合作向更廣領域、更高層次邁進。
 據廈門港口管理局介紹，廈門港將培育對臺航運四種模式。
 首先，貨物運輸模式。推動臺灣水果農副產品及高貨值等有快速運輸需求的貨物經臺中港直航廈門港；借鑒“小三通”做大經驗，通過逐步加密臺灣航線航班，吸引兩岸貨物匯聚廈門港中轉運輸。
 第二，兩岸客運模式。利用國務院《意見》提出“支持福建試行便利兩岸人員往來管理辦法”的優勢，完善港航軟硬件環境，力爭廈門至臺中客運航線常態化運營，不斷擴大大陸居民經廈門港赴臺游規模，樹立“海峽旅游航線”新品牌。 
 第三，兩岸客滾運輸模式。加快改造東渡廈金客運碼頭北側滾裝碼頭，推進開通廈門至臺中航線滾裝業務，力爭在全國率先推出“海峽客滾”運輸新模式。
 第四，兩岸郵輪運輸模式。爭取開辟廈門至臺中(基隆)港航線和廈門—澎湖—臺灣島郵輪客運航線。
 同時，要與臺中港、高雄港、基隆港、花蓮港積極對接，建立雙邊合作互惠機制，吸引更多臺灣中轉貨物到廈門港中轉，推動形成兩岸集裝箱聯運網絡。
 在“小三通”方面，廈門港將推動五通�？章撨\碼頭增容擴建；科學合理排班，探討開通五通碼頭的早班和夜班航次；推動成立市屬國有獨資的廈金客運企業；協調解決東渡、五通碼頭行李托運、行李直掛等問題，努力推動海峽兩岸一票通。