2009年12月28日，南通港口集團與蘇農集團簽訂了戰略合作協議。根據協議南通港口集團與蘇農集團將進一步發展全面、長期的戰略合作關系，實現雙贏發展。
 南通港口集團作為國家一類對外開放口岸及上海國際航運中心組合港成員，貿易輻射面廣，尤其在農資、農副產品的中轉裝卸方面，具有長期的操作經驗和齊全的裝卸設備，在長三角港口中具有獨特優勢。 蘇農連鎖集團作為江蘇農資流通和全省供銷社農資供應服務的龍頭企業，在全省糧棉主產區建立了近2000家農資連鎖店，農資連鎖服務的觸角遍及全省各地，初步形成了全省最大的農資連鎖龍頭企業的網絡優勢。隨著蘇農的發展，進江中轉的化肥及其他物資進出口中轉量逐年增加，迫切需要有一個穩定的進江中轉基地，以完善物流體系。
 從2008年初開始，因世博會上海港暫不接卸散貨化肥，南通港接貨量迅速增大。為了幫助蘇農解決上海港暫不接貨的困難，2009年以來，南通港為蘇農集團已接運化肥22萬噸，近期還有7萬噸到港，全年累計接運量達30萬噸。
 此次戰略合作協議簽訂，港口集團與蘇農集團將進一點加強合作，擴大合作范圍，提升合作層次。蘇農集團充分利用南通港的碼頭資源，為其提供穩定的貨源，南通港提供優質的裝卸中轉服務，優先中轉貨物作業。雙方還將建立高層人員會晤機制，建立有效的工作聯系制度，及時協調解決重大問題；業務部門建立日常工作聯系制度，及時溝通、協調和處理好日常問題。