2009年以來，上海檢驗檢疫局圍繞國家質檢總局的工作要求，以健全監管機制為主線，以加快信息化建設為抓手，穩步推進口岸進出境集裝箱檢驗檢疫的各項工作，全面支持上海國際航運中心建設。 　　受國際金融危機的影響，2009年，上海局共受理進出境集裝箱報檢723.91萬標箱，同比下降16.34%；查驗219.59萬標箱，同比下降11.90%；共檢出攜帶疫情及有毒有害物質等檢疫不合格集裝箱91205標箱，同比下降0.62%，檢出率為4.15%，其中重箱55208標箱，空箱35997標箱；受理適載檢驗集裝箱43895標箱，同比減少19.48%，其中，一次性檢驗不合格42標箱，同比增長5%。
　　抓源頭管理
　　探索進境空箱檢驗監管新模式
　　上海局本著“嚴格把關、高效執法、與時俱進”的理念，對進境空箱持箱人管理模式進行了深入的研究和實踐，逐步實現從源頭抓管理。通過近一年的努力，已完成了《上�？诎哆M境空箱持箱人管理辦法》（試行）的起草工作，并對馬士基輪船、以星輪船等幾家大型箱屬公司及其進境空箱業務開展了登記備案管理的試點工作。
　　新的監管模式充分調動箱屬公司的積極性和主動性，綜合利用港口、集裝箱協議堆存場站等現有的設施和資源，既保證了對進境空箱的有效把關、嚴密監管，又能在可控的基礎上便捷通關、減少費用；對不同誠信度的企業引入分類管理理念，大大優化了上海口岸進境空箱的監管手段。
　　推進信息化建設
　　完善出境集裝箱檢驗監管模式
　　為進一步完善出境集裝箱（適載）檢驗監管模式，不斷優化檢驗環節，服務外貿企業，上海局在國家質檢總局開發的“全國進出境集裝箱檢驗檢疫電子監管系統”總體推廣要求下，結合實際情況，推出“出境集裝箱（適載）檢驗電子監管系統”。
　　新的電子檢驗監管系統利用信息化手段簡化流程，使檢驗信息與檢務核銷信息互通；真正實現“無紙化”操作，減少了企業為紙質單證傳遞造成的交通、通訊費用。通過在下屬四個集裝箱場站的成功試點，該系統的場站端已于2010年1月正式投入使用。
　　該系統在信息傳遞、監管力度、服務質量方面比以往有著不可比擬的優勢，很好地適應了“提速、減負、增效、嚴密監管”的大通關要求。同時，上海局申報的《出境適載檢驗風險分析》課題已獲批為2010年國家質檢總局科研項目，將在檢驗標準、監管模式、電子化運用等方面進行更深入的學術研究，進一步推動集裝箱適載檢驗工作的發展。
　　服務地方經濟
　　支持上海國際航運中心建設
　　2009年，上�？诎都�裝箱吞吐量雖呈持續下滑局面，但因周轉率下降，進境空箱長期囤積在港區。針對這些情況，上海局主動赴上海國際港務（集團）股份有限公司開展深入調研，了解企業困難，從現有進出境集裝箱及貨物的檢驗監管模式，查驗場站等口岸集中查驗方式，放射性檢測、視頻監控等輔助監管設施建設等多角度研究應對策略，在嚴格把關、有效監管的原則下，采取各類有效措施大力改善上�？诎锻�關環境，以簡化集裝箱及貨物的通關環節、降低物流費用為手段，支持上海、輻射內地，幫助進出口外貿企業及港航單位共渡難關，支持上海國際航運中心的發展和建設。