兩岸海運協議后續協商，交通部松口表示愿意適度增加現有兩岸集裝箱定期航線運力，核準新航線開辟，臺航高層主管證實，去年底就已經申請重回兩岸航線，如果順利獲準，將購置兩艘集裝箱船加入營運。萬海則表示，公司曾經申請華南─臺灣航線未獲回復，這次將會考慮重新提出申請。  
    臺航在兩岸未開放直航前，曾經經營兩岸三地間接定期航線，在2008年7月暫停營運，船只出售拆解。由于兩岸三地航線是特許航線，航權取得不易，當時包括陽明海運與德翔航運都考慮與臺航合作經營這條航線。  
    臺航過去一年多未重回兩岸集裝箱定期航線，主要是因為市場運價太低，兩岸開放直航后，從華北運到臺灣轉運的遠洋線貨載日益增多，目前每小柜運價已經回升到約3百美元，平均裝載率也從五成多提高到九成，臺航決定與陽明海運、華岡船務等合作重回兩岸航線。  
    臺航計劃購買兩艘船齡10到12年的可裝載1,200小集裝箱船只經營兩岸航線，船舶中介公司指出，目前該船齡船只稍早成交價約800萬美元，不過船價在回升，估計現在兩艘船約需投資2千萬美元。