政府持有35.51%股權的陽明海運，出現十年以來最大虧損：高達158.41億元，資本額虧掉了六成一，引起立委關切。 　　對此，陽明海運總經理何樹生表示：去年運價收入減少四百二十六億元，國際主要航商虧損都在美金五億元以上。展望今年，虧損已經大幅減少，預估全年可望轉虧為盈。
　　對此，陽明海運總經理何樹生解釋，去年受金融海嘯，運能嚴重過剩，影響國際運價出現嚴重的崩盤，大跌五成，運價收入較前一年短少了四百二十六億元，導致稅后虧損，根據陽明的資料顯示，去年全球第一大航商丹麥馬士基虧損了美金20.8億元，韓進虧損10.9億美金，智利航運虧損6.69億元，現代航運虧損了6.91億元，東方海外虧損4.01億元，換言之，主要貨柜船公司都面臨嚴重虧損。
　　陽明海運表示，所幸今年運價已經逐漸恢復，其中歐洲線已經恢復到前年的水平，預估美國線在第四季也會恢復到原有水平，再加上艙位減少，需求提升。第一季虧損已經大幅減少，預估全年可望轉虧為盈。
　　至于國內另外一家主要航商：長榮海運，去年度財報四月底才公告，到去年第三季的數字是虧損了72.9億元，同期陽明虧損超過百億，預估長榮的虧損幅度少于陽明。
　　立委徐耀昌則是抨擊，陽明過去幾年大量高價購船，并且有多項不當的轉投資事業，如高球場，飯店，等等，應該要追究責任。對此，何樹生則表示：已經陸續在清理當中。目前也已經延后了20艘新船的建造合約并考慮將部分船型改為散裝輪。