5月12日下午，深航發布消息，國航總裁蔡劍江擔任深航董事長，前山東航空總裁馮剛任深航總裁，全程物流董事長劉軍任常務副總裁。隨著深航高層管理人員的悉數到位，國航正式接管深航。國航從3月份開始打造的“南方第二跑道”開始運轉。 
　　3月21日，深航的大股東“閃電”更替——第二大股東國航一紙公告，宣布增持深航股權至51%，成為絕對控股股東，而原大股東匯潤公司所持65%股份則被稀釋至24%。
　目前，國航在廣州和深圳的市場份額均為10%左右，未來借深航則可分別增至20%和42%。自控股深航近兩個月以來，雙方聯手推出了多條空中快線，并在13條航線158個航班上實行代碼共享，這只是國航在華南市場擴張的第一步，接下來國航將會走得“更遠”。 
　　深航曾審計出巨額虧損
　　3月21日晚間，深航第二大股東國航發布公告，宣布增資6.8億將原來持有深航25%的股權增持至51%。根據增資協議，深圳市政府旗下的全程物流將出資3.48億元，占據增資后的深航25%的股權；深航原來的大股東匯潤公司的破產管理人由于放棄認購本次增資，持股比例被稀釋到24%，退居深航的三股東之位。此前，深航的三家股東匯潤公司、國航和全程物流分別持有深航65%、25%和10%的股份。
　　按照國航公告中的說法，在國航全面接手深航之前，深航已經虧損嚴重。據深圳航空此前對外的公開財務報告，其2006年盈利3.6億元，2007年盈利6.4億元，2008年的全球航空業低谷時期其仍實現盈利2600萬元。但與此形成鮮明對比的是，國航在3月21日發布的增資公告中稱，截至2009年12月31日，深航經審計的資產總計約為人民幣223.87億元，負債合計約為人民幣244.54億元。經審計發現，此前一直宣稱盈利的深航，其2008年、2009年分別凈虧損3126萬與8.64億，其凈資產則低至-20.67億，匯潤公司面臨破產。
　　國航人士認為，深航近幾年的快速擴張是導致其資金出現問題的重要原因之一。
　　據了解，匯潤投資入主深航之后，李澤源引導深航走入快速擴張通道。在2004年底，李澤源入主深航之前，這家公司不過擁有27架飛機、四個基地和約4000名員工，總資產44億元。截至目前，深航機隊規模已經達到134架次，總資產超過200億元，還計劃每年引進飛機不少于10架。這遠遠超過當初的計劃，如此快速的擴張讓深航的資金壓力加大。
　　中國國航的定期報告顯示，2007年深圳航空的負債率為87.29%，2008年迅速升至96.36%，至2009年6月30日這一指標仍高達96.58%。
　　一位深圳本地企業高層表示，對于一家未上市的航空公司來說，盈利的報表很好做。可以把公司原來購買的飛機賣掉，然后再從租賃公司租回來，這樣盡管增加了財務成本，卻獲得大筆現金流，完全可以在財務上將其算作盈利收入。然而，這種模式存在一定的風險，一旦擴張速度過快，飛機租多了，就會對資金鏈形成壓力。
　　據深圳市委相關部門負責人對記者透露，為了應對危機，深航當時向深圳政府求救，希望市政府出面給銀行擔保。但由于深航財務狀況復雜，誰也不知道“到底有多大的黑洞”，政府經考慮后未敢出面擔保。
　　國航五年前控股未果
　　國航以6.82億元換取深航25%的股權，匯潤投資出資27億元，從廣控集團手中收購了深航65%的股權。對此，國航在公告中指出，此次交易的對價是以深航的資產評估價值作為基礎，通過股東的公平磋商厘定的。
　　“在大股東出事的情況下，二股東的確具有近水樓臺的優勢�！币晃缓娇諛I內人士對此表示。
　　對此國航董事長孔棟在接受媒體采訪時公開表示，國航對收購深航懷有很大的熱情�！吧詈降脑鲑Y擴股，作為第二大股東的國航理應擁有優先權。”國航作為第二大股東的身份，也成為其控股深航的重要籌碼。
　　事實上，在去年11月30日因經濟問題被帶走調查，僅3個月后“全面接管深航工作”的總裁李昆也難逃厄運。國航副總裁樊澄于去年12月1日被任命為深航黨委書記，去年12月23日，原中國國際航空股份有限公司財務總經理李有強又被調任深航財務總監，這被市場認為是深航第二大股東國航擬入主深航的人事信號。
　　一直以來，國航就對深圳市場抱有濃厚的興趣。早在2005年，廣發銀行旗下資產經營公司廣控集團持有的深航65%的股權第一次拍賣，已是深航第二大股東的國航曾“志在必得”。
　　當時，深航股權競購者眾多，除第二大股東國航，還包括外資美國國際集團、新橋資本；國內金融巨頭中信集團、平安保險，已經持深航10%股份的深圳市屬企業全程物流。此外，北京民營企業當代集團也報價15.73億元參與競購。
　　但就在2005年5月23日拍賣前夕，當代集團突然退出競標陣營，取而代之的是此前從未出現的匯潤投資和億陽公司。
　　最終在公開拍賣競價中，國航49次舉牌仍未得手，最終以0.1億元敗給當時名不見經傳的匯潤公司，最終李澤源通過匯潤公司和億陽集團以21.76億元報價，打敗了國航和深圳市政府的競標聯合體，從廣東發展銀行手中拍得深航65%股權。
　　地方政府意在保留深航“名片”
　　深航控股權兩次易主背后，一個堅定的支持力量來自深圳市政府。
　　事實上，5月12日公布的深航新管理團隊，已經透露出這樣的信息。出任常務副總裁的劉軍，此前是深圳國際全程物流董事長，全程物流是由深圳國資委控股的深圳國際控股有限公司和深圳市投資管理公司共同出資設立的機構。國航掌控深航大局后，全程物流持股比例從10%上升到25%，成為二股東。
　　“無論股權走向如何，深航必須保持自己的品牌和作為基地航空公司獨立存在，這是市政府的底線�！鄙钲谑姓�府相關部門負責人對記者說，深圳市政府希望保持深航作為基地公司的立場，來自對深圳航空市場發展瓶頸的焦慮。
　　事實上，深圳市政府一直在公開場合明確力挺深航。去年12月21日，深圳市副市長張思平代表深圳市政府前往深航總部調研，并公開表態，“不管怎么調整，深航不會有大規模下崗，深航已經形成的市場機制、作為深圳名片等五點不變�！�
　　據了解，早在1996年，深圳機場就跨入了全國第四大繁忙航空港，目前，有7家基地航空公司，有32家航空公司開通深圳航線。然而，在與同一市場的香港和廣州兩大航空樞紐的競爭中，深圳無論是在國際政策扶持方面，還是在自身條件方面均處于明顯的劣勢。尤其在近年來，深圳機場空域及地面保障能力全面保和業務量自然增長放緩，機場業務組織與管理能力欠缺等多重制約下，深圳航空業發展面臨的競爭壓力進一步加大。
　　“作為國內第四大機場，樞紐建設不是自己做出來的，要靠基地公司飛出來�！鄙钲谑姓�府相關負責人對此表示。作為市政府的考慮，如果不能保留一家本地的基地航空公司，很難形成樞紐建設的合力。
　　“全程物流這樣的大股東直接進入航空業決策體系是不多見的。”一位航空業資深人士對記者表示，“國航總裁出任深航董事長，不僅僅出于國航和深圳政府之間話語當量的考慮，更多是看到了深航與國航合作的外在和潛在價值�！�
　　匯潤24%股權尚待清算
　　國航絕對控股深航之后，已經面臨破產清算的匯潤投資尚持有深航24%股權。對于是否會繼續增持這部分股權，國航董秘黃斌表示，目前沒有新的計劃，這部分股權的去向要由破產管理委員會決定。
　　目前，深圳市中級人民法院已受理匯潤的債權人對該公司的破產清算申請，并開始進行審理，匯潤的清算事務將由法院指定的破產清算委員會處理。據了解，如果匯潤投資確定破產，則需由法院處理其旗下資產，包括其持有的深航股權。
　　3月20日，深圳市中院發布公告稱，當日其依法受理了申請人廣東粵財投資控股有限公司申請匯潤投資破產清算一案。該院還指定了深圳市匯潤投資有限公司清算組為破產管理人，但沒有說明該清算組的組成。
　　據國航內部人士透露，在深航高級顧問李澤源和總裁李昆先后因經濟犯罪被調查期間，深航的股東們就一直在碰頭商討對策，審計結果出來后，發現深航目前的賬上嚴重缺錢，“雖然目前深航的財務狀況不理想，但我們還是希望控股�！�
　　事實上，由于大股東匯潤公司已經進入破產的司法程序，其持有的65%的股權需要由法律程序來處理。
　　在此次增資擴股中，匯潤的破產管理人表示放棄本次增資，并同意全程物流與中國國航認購深圳航空此次全部新增注冊資本。即使其所持有的24%股份，將來存在變數，但對國航的控股地位已經沒有實質性的影響了。
　　國航欲借華南市場翻身
　　為了實現對深航的控股意圖，國航付出的代價也是顯而易見的，除了6.82億元的增持現金外，在4月27日簽署的合作備忘錄中，國航還承諾未來深航將保持品牌獨立等“5個不變”。據介紹，國航承諾的五不變包括：保持深航公司名稱和法人地位不變、獨立標志和品牌不變、總部注冊地不變、獨立航空承運人的地位不變、與市場經濟接軌的內部機制不變。
　　國航為何對深圳市場如此感興趣？一位航空業內人士對此解釋稱，國航給自己的定位就是以北京樞紐為核心發展戰略的基地航空公司，樞紐網絡戰略是國航戰略重點之首，成為大型樞紐網絡承運人，走網絡化運營之路是國航追求的目標。
　　事實上，國航董事長孔棟4月26日在香港的業績報告會上曾明確表示，控股深航后要采用“借船出�！钡姆椒�，進一步擴大在華南地區的運力，使深航在深圳機場的市場份額不低于50%，實現深航在深圳機場的主導地位。
　　據了解，雖然國航在北京樞紐建設上已經取得初步成效，但與建設世界級航空樞紐的目標相比仍有很大差距，目前國航在北京樞紐建設中存在困難，一是北京樞紐時刻資源仍然嚴重不足，國際成熟的樞紐航空公司在其樞紐機場，例如漢莎在法蘭克福、法航在巴黎的時刻占有率均在55%以上，而國航北京時刻占有率僅為36%左右。此外，航班波型質量有待改善，首都機場的航班波型和有效銜接航班數量與國際典型樞紐還有較大差距。
　　因此，國航急需加強對全國市場的掌控力度，需要更多的客源支持，否則，北京作為國際航線樞紐就無法打造。而貨運方面，此前國航與國泰合作打造香港貨運樞紐，但近年來深圳分流了很多香港的貨源，兩家機場一直在爭奪中國的門戶機場地位。對于國航而言，貨運市場份額不論是流向香港還是深圳，都希望能分一杯羹。
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　　民航業形成“三足鼎立”
　　國航搶灘華中華南，與南航和新東航爭奪份額
　　深航控股權變局爭塵埃落定，經過4個多月的博弈，國航終于從深航第二大股東晉升為第一大股東。隨著國航的國內市場份額擴大，市場競爭力增強，“國航+深航”與南航和新東航形成新三足鼎立的格局。
　　國航大手筆
　　在金融危機后，三大航開始重新劃分勢力范圍，除了大量購買飛機外，國航對新地盤的爭奪更加積極。
　　去年國航在擴張方面接連做了三個大手筆。去年4月2日，國航斥資1.78億收購了首都機場持有的國貨航24%的股權，掌握了國貨航100%股權。同年8月19日，國航又花費63.35億港元將國泰航空股份持股比例由約17.49%增至約29.99%。但去年最成功的應該是對破產的東星航空的接手，武漢東星航空破產后資產拍賣卻遭流拍，國航最后以低成本接收了東星的資產和人員，為在武漢乃至華中地區的話語權增加重要籌碼。
　　東興證券航空業分析師，認為國航給自己的定位就是以北京樞紐為核心發展戰略的基地航空公司，樞紐網絡戰略是國航戰略重點之首，成為大型樞紐網絡承運人，走網絡化運營之路是國航追求的目標。此次注資完成后，國航將擁有北京、成都和深圳3個市場份額占第一的運營基地，同時深圳航空在廣州、無錫和南寧也具有較高的市場份額，這將使國航在國內的航線網絡建設中處于領先地位。
　　深圳爭奪戰
　　事實上幾大航空公司在深圳市場爭奪的激烈程度，不亞于對京滬市場的爭奪。
　　此前，在深圳客運市場，南航和深航的份額基本相當，分別占三成左右，國航和東航分別占12%左右，海航占7%，其余被川航和山航等占有，國航與深航的市場份額相加則超過南航。深圳機場去年旅客吞吐量已經達到近2500萬，僅次于北京、廣州和上海三大機場，位居國內第四。
　　據南航深圳分公司相關負責人介紹，深圳地區近年商務旅客增長迅速，據統計，近兩年南航頭等艙、商務艙的上座率均為深圳地區首位。為此，南航推出了設置在公務艙和經濟艙之間的高端經濟艙產品，其票價是經濟艙的全價，但比普通經濟艙多40%的空間。南方航空股份公司總經理譚萬庚在接受本報采訪時表示，這是為了搶占高端市場，經濟危機以來，很多原來乘坐頭等艙的企業商務客戶流失。
　　業內分析認為，在深圳市場，“國航+深航”的市場占有率將達43%，將遠大于南航。而在廣州市場，南航的市場份額約為50%，國航、深航目前各約為10%，“國航+深航”的市場份額將提升至20%。