2006年3月8日，時任西安市市長的孫清云同新亞歐大陸橋沿線城市人大代表聯名向大會提交提案，提出了在西安國際港務區設立保稅物流中心的建議。
2006年4月6日，在西安海關關長周鳳琴等推進下，西安海關上報申請設立西安保稅物流中心的報告,海關總署表示贊成。
2008年3月4日，省委常委、市委書記孫清云視察國際港務區，與市長陳寶根數度會見了來陜調研的海關總署領導，并專程赴京推進項目申報。
2008年3月26日，省委常委、市委書記孫清云,市長陳寶根陪同原省長袁純清前往國際港務區調研，推動省政府成立西安國際港務區建設聯席會議制度，推進西安綜合保稅區申報建設工作。
2008年6月，國際港務區會同西安海關加大力度，多次向國務院辦公廳、國家發改委、財政部、海關總署、國家稅務總局、國家外匯總局遞交補充材料，闡明在西安建設一個西北地區樞紐型海關特殊監管區域的重要性和迫切性。
2008年8月18日，副省長景俊海調研國際港務區時提出要推進西安保稅物流中心申報工作。
2008年12月26日，海關總署、財政部、稅務總局、外匯局等國家四部委批設西安保稅物流中心。
2009年6月23日，西安保稅物流中心項目正式開工建設。
2009年6月25日，國家頒布《關中－天水經濟區發展規劃》，提出“支持研究在西安國際港務區內設立陸港型綜合保稅區”。
2009年11月18日，市長陳寶根陪同海關總署署長盛光祖、副署長魯培軍前往國際港務區調研。省委常委、市委書記孫清云會見盛光祖署長，推進西安綜合保稅區項目申報。
2010年3月31日，歷時九個月建設，西安保稅物流中心通過西安海關等部門聯合預驗收。
2010年4月20日，西安保稅物流中心通過海關總署等國家九部委組成的聯合小組的正式驗收。
2010年7月15－16日，海關總署署長孫毅彪帶領九部委領導推進西安綜合保稅區申報。
2010年8月4日，“天津港集團西安國際港務區服務中心”正式揭牌。
2010年9月7日至9日，國務院辦公廳秘書二局吳紅婭副局長向國務院提出在西安設立綜合保稅區的緊迫性。
2011年2月14日，國務院正式批準設立西安綜合保稅區。