新疆喀什經濟開發區和喀什經濟開發區兵團分區合作，對現有的喀什綜合保稅區投資開發有限公司進行重組，共建喀什綜合保稅區。雙方經協商，成立喀什綜合保稅區建設領導小組，負責綜合保稅區重大問題的決策;在成立喀什綜合保稅區管委會前，成立綜合保稅區前期籌備工作小組，在綜合保稅區籌建期間處理相關工作。重組后的喀什綜合保稅區投資開發有限公司作為喀什綜合保稅區的建設和經營主體，注冊資本7億元，兵地雙方各出資3.5億元。