2008年12月15日，兩岸貨船分別從大陸、臺灣的港口出發，終結兩岸60年無法直航的歷史，至今，四年已過，直航帶來的利處斐然。直航更促進臺灣三大港口的有序發展，今年臺中港客流量或將首超基隆港，成為最大客流進出港；基隆港也不甘示弱，力求轉型增加轉運業務；高雄港依然雄踞一方。雖然合作氣候多為晴，但四年之間也出現不少潛在問題，所謂病向淺中醫，兩岸直航若要繼續健康有序發展，需要直面那些不足。 
　　直航量遞增，繞航量遞減
　　兩岸港口剛實現直航時，大陸方面共開放包括48個海港、15個河港在內的63個港口，臺灣方面則開放6個本島港口和5個“小三通”港口作為兩岸直航港口。今年10月，交通運輸部發布《關于海峽兩岸海上直航發展政策措施的公告》，出臺四項對臺海運惠民政策，其中包括增加煙臺港蓬萊港區、深圳港大鏟灣港區為直航港區。據統計，迄今兩岸共有85個直航港口（港區），其中大陸有72個。截至6月底，兩岸海上直航貨運量累計完成2.2億噸，集裝箱運量近600萬TEU，客運量550萬人次。
　　兩岸運輸結構得到優化，砂石等低價值貨物運量下降，化工品等高價值貨運量穩步上升，上半年兩岸間液體化工品直航運量達135萬噸，同比增長31%。在宏觀調控與市場監管作用下，兩岸直航運價回歸理性，集裝箱、散雜貨、化工品市場運價有所回升。上海航運交易所發布的上海至高雄航線的平均運價從2011年11月的每標箱約100美元上升到今年11月每標箱約236美元。
　　客運量更是喜人，上半年兩岸海上客運量共完成84萬人次，同比增長約13.6%。根據福建平潭至臺中高速客運班輪航線統計，從大陸至臺灣本島共運送旅客約9萬人次，同比增長106%。福建沿海至臺灣金門、馬祖、澎湖海上客運量達到74.9萬人次，增幅約7.6%。
　　除了節約往來經濟成本、促進貨運量與客運量的提升，兩岸直航最大亮點是由間接、單向局部通航真正變為全面、直接雙向通航。福州以北的大陸港口到臺灣的海運行程減少繞行300海里以上，里程縮短后兩岸間貨物經第三地繞航運輸量完成195萬噸，同比下降68%。
　　不少企業通過直航獲得真正實惠，業內某經濟學家以臺塑公司為例算出一筆經濟賬。該公司約有60％的產品運往大陸，過去這些貨物須繞航第三地，兩岸實現海運直航后，該公司每年需要中轉大陸的2萬多只集裝箱，每箱可省下30美元；每年經石垣島中轉的90萬噸液化氣，每噸可節省8美元；每年經香港中轉大陸的3.6萬只集裝箱，每箱可省下240美元，總的算下來，一年可省下5億新臺幣的海運運費。加上節省的島內陸運費用，僅臺塑公司就可省下超過10億新臺幣。
　　另外，從2011年1月1日至2013年，兩岸預計共有超過800項的早期降稅貨品可以“零關稅”進入雙方市場。其中，大陸有539項、138.3億美元；臺灣有267項、25.58億美元，兩岸超過167億美元的關稅優惠將極大激活兩岸間的貿易，進而為實現兩岸之間關稅全面建立合理想象。
　　島內三港表現不一
　　兩岸直航后，臺灣各大港口成為其中最大受益者。業內人士分析，在各大港口中，以進出口貨物為主的臺中港獲益匪淺。臺中港與廈門港的距離只有136海里，是與大陸直航后路徑最短的港口，被業界稱為最適宜兩岸直航的臺灣港口。直航后的2010年底，臺中港貨物吞吐量已突破1億噸大關，成為繼高雄港之后第二個億噸大港。臺中港港務局局長李泰興表示：“臺中港地理位置可規劃83座碼頭，目前的50座碼頭已不堪重負，2010-2020年間我們將陸續規劃剩余33座碼頭，使臺中港物盡其用�！笔芙衲陜砂顿Q易額下滑的影響，臺中港集裝箱吞吐量出現下滑，但客運量卻出現亮點。據臺灣交通主管部門統計，8月份，基隆港與臺中港兩岸航線進出旅客均創歷史新高，其中臺中港至,8月底迎來85000多人次，全年有望突破10萬人次。而在直航之初的2009年，臺中港全年迎接大陸客流僅為29000多人次，此后逐年攀升，預計今年有望超過基隆港，成為兩岸直航客運的最大進出港。
　　基隆港一直被定義為外貿港，但由于港口靠近市區和山區，導致陸域難以擴建，外加經濟不景氣，需求疲軟，導致其競爭力一路下行。兩岸直航后大陸貨物更青睞高雄港而“疏遠”基隆港，令該港口業績雪上加霜。今年同樣受兩岸貿易量下滑影響，其集裝箱吞吐量持續下滑。刺激促轉型，目前基隆港正在東港區進行疏浚工程，計劃把進港航道浚深到-15.5米，工程完成后雖然基隆港每年的集裝箱吞吐量僅能從30萬TEU提高到60萬TEU，但其附加值不容小覷。臺灣與大陸關系趨穩后，可以吸引更多的國外資金投資基隆港，自由貿易區管制的放松以及基隆港緊鄰臺北市中心的區位優勢將使其成為重要的物流中心。業內專家認為基隆港現在的轉型有望使其在世界百大集裝箱港中的排名大幅度提升。
　　直航之后，最引人矚目的非高雄港莫屬。高雄港擁有144年的歷史，根據高雄港務局提供的數據，目前擁有372條航線，擁有臺灣地區57%的進出口貨物吞吐量，轉口集裝箱比例高達50%。兩岸直航不久，陽明海運表示將租下高雄港一塊36公頃的土地，用以開發為物流中心。中遠集團選擇在高雄港設立代表處，中遠集團董事長魏家福表示：“設立代表處只是第一步，下一步我們將成立中遠臺灣公司，與陽明海運合作，共同開發高雄港集裝箱碼頭�！倍�臺灣地區將斥資440多億元新臺幣開工興建高雄港洲際集裝箱中心，其中一期興建4座現代化集裝箱碼頭，預計2013年完工并啟用，屆時將聯結大陸的二線港口。高雄港務局長蔡丁義表示：“未來希望高雄港可以成為亞太海運轉運中心�！鄙习肽旮咝鄹凼桥_灣三大港中集裝箱吞吐量唯一實現上升的港口，完成吞吐量486萬TEU，同比增長1.4%。
　　兩岸實現直航之前，高雄港面臨海岸線飽和的困境，一些大型船公司開始將轉運中心遷出島內，馬士基曾取消在高雄港租用的2個泊位。實現直航后的這四年，高雄港積極進行擴建，計劃2013年在原有118個泊位基礎上再完成4個集裝箱泊位，屆時能讓1萬TEU型船舶順利通行。蔡丁義已經欣喜地看到高雄港的貨物吞吐量在直航后獲得10%的增長：“如果直航順利進行，預計未來我們還能有10%甚至20%的貨運量成長空間，直航使我們吸引貨源的路徑變得更寬泛�！�
　　直航之后，三大港口各有斬獲，臺中港與基隆港受到貿易大環境不堪的影響，業績“多云”，但臺中港客流量旺盛，基隆港積極轉型，未來表現可期。高雄港處于國際航道，占得地利優勢，新加坡、釜山等地的現有貨源以及大陸非鐵金屬都被吸引到高雄港轉運，一掃前幾年在全球集裝箱港排名節節敗退的“霉運”，真正迎來“轉運”良機。
　　嘗到了四年直航的“甜頭”，兩岸海運長久平穩有序地發展將成為臺灣三大港口的共同期許。
　　穩中藏危
　　直航之后，雖然兩岸海運發展平穩，客運量與貨運量均有不俗表現，但隱患也在四年實踐中逐一浮出水面。相比臺灣三大港口的不俗表現，與臺灣地區直線距離較短的海西港口群弱勢凸顯。該港口群位于長三角與珠三角兩大強勢港口群之間，在夾擊之下，海西港口群暴露了其腹地狹小、交通不便、輻射力不強的先天性缺陷。直航后福建所有沿海城市都提出“以港興市”的戰略，涌現成百個大小不一的港口，彼此之間惡性競爭，甚至發生個別港口對來自其他具有競爭力港口的貨物收取高額裝卸費的情況，使該區域港口難以做大做強。
　　另外，由于直航后兩岸運輸距離縮短，航線上出現運力過剩的情況，集裝箱運輸出現旺季不旺，有些航線在淡季甚至出現“零運費”。運輸砂石的散貨市場也慘淡經營，鑒于近年臺灣市場不景氣，砂石需求走低，臺灣南部因水災又沖刷出大量砂子，貨量充足，導致臺灣進口砂石數量驟減，進而出現運力過剩殘局。運輸這類砂石的船多屬于半自卸船，無法臨時調往其他航線裝運其他貨種，經營非常被動。此外，兩岸在海事管理方面的依據不同，如高速船的認定、船舶檢驗標準、船舶配備等，導致雙方容易在管理工作上產生分歧。這些隱患若不有效解決，兩岸直航的氣候難免變為晴轉陰，局部地區有雨。