2011年，航運遭遇危機，南京油運的水運主業危中尋機取得上佳業績。全年完成貨運量為年計劃的101.3%，為上年的123.8%。貨運周轉量為年計劃的107.6%，為上年的112.2%。運輸收入為年度預算的113.5%，為上年的120.9%。
2011年下半年，由于受渤海油田漏油事故的影響，瀘州原油資源大幅減少，該公司航運部積極與中海瀝青（四川）公司協調，與北京中海油氣利用公司溝通，為公司爭取到寶貴的原油資源，全年承運瀘州原油19船次。
10月份，中石化日儀管道貫通，該公司及時了解中石化華東輸油管網的輸油量及其調整變化的情況，分析這種變化對海進江原油和長江三程原油運輸的影響，積極爭取貨源，全年完成安慶、九江石化原油貨運量45萬噸。
2011年，該公司抓住金澳科技集中采購水運燃料油資源的機會，組織與金澳科技多輪艱苦的談判，針對民營企業客戶運輸要求高，貨源較零散等諸多不利條件，確定了駁船定線不包量的承運原則，派員多次走訪金澳總部，與公司相關部門人員現場考察白螺碼頭，盡力加強雙方的有效溝通，在這塊競爭激烈的運輸市場上占據了主動，提高了市場份額。
大慶433輪與寧化403輪一舉扭轉了多年來一直虧損的局面。大慶433完成貨運量29.5萬噸，同比增加10.5萬噸，增長了55.26%；完成運輸收入1000萬元，同比增收近300萬元，增長了42.25%。針對寧化403船齡大、不適貨等不利因素，該公司航運部加強攬貨與現場工作力度，全年完成貨運量近15萬噸，同比增加1.14萬噸。
該公司2011年實現光租2艘長江化學品船。一艘5000噸級用于替換寧化403投入金陵至儀化的PX航線，另一艘投入乙二醇航線運輸。
努力組織1.55萬噸船隊運行，大力提高船舶營運效益。該公司1.55萬噸拖輪隊型，從2011年4月份開始組織運行，全年組織了48個隊次，與從前1.4萬噸隊型同航次數比較，多發運了7.2萬噸，相當于完成同樣的運量，少開了5個隊次。他們總結了新隊型的三大優點：一是公司拖輪營運經濟效益明顯；二是客戶滿意度提高，減少了卸船次數和節約了卸油成本；三是充分利用了5000噸駁閑置資產，緩解了枯水期駁船運力不足的困難。
儀征化纖10萬噸BDO項目已開工建設，為了承攬正丁烷水運貨源，該公司主動聯合南京港，為其做儲運配套服務。通過多次認真、慎密的調研和商談，最終簽訂了包運協議。
為了跟蹤重慶龍海石化項目，確保溝通銜接順暢，航運部專門組織成立了項目組，建立了日常聯系機制。
2011年，該公司航運部堅持“租船經營也是發展”的理念，把控制貨、控制船作為借力發展、創造效益的有效途徑，公司本部全年租船收入達年度預算的156%。