經過二十多年的發展，深圳機場與數十家國內外貨運企業建立了牢固的合作關系。2012年4月的統計顯示，深圳機場已經開通了國內外全貨機貨運航線30條，其中國內貨運航線17條，包括北京、上海、鄭州、武漢在內的國內航點14個  ，國際航線13條，包括新加坡、東京、曼谷、迪拜等在內的國際航點12個。借助機場貨運的發展，深圳本地的高附加值產品不斷輸出境外，為深圳融入國際市場搭建了便捷、快速的空中通道。

　　“十一五”期間，深圳機場投入近20億巨資對貨運基礎設施進行了改善。先后改擴建了國際貨站、快件監管中心、國內貨運村一、二期、南北機坪、物流園區，建設了UPS亞洲轉運中心、保稅物流園區，新增了26萬平方米的站坪面積，增加停機位24個，陸側分撥、倉儲、物流等貨運基礎設施大大提升，形成了緊靠機坪的“前站（航空貨站）后村（航空貨運村）”的貨運發展布局。該布局有利于空運貨物的快速通過，也有利于物流企業在機場范圍內發展綜合物流。

　　在貨運基礎設施方面，深圳機場目前擁有占地面積為4.5萬平方米，設計年貨郵處理能力80萬噸的航空貨站。深圳機場快件中心是全國第一家實行“集中監管、電子海關”的快件監管中心，駐場企業有十幾家，包括FedEx、UPS、DHL、中外運等。作為深圳市政府規劃設立的七大物流園區之一的深圳機場航空物流園區規劃占地面積116萬平方米，設有空運中心、分撥中心、海運中心、保稅物流中心等四大功能區域。