近年來，京杭運河蘇北段經過全線整治，大力發展“綠色航運”，在航道整治中引入生態理念，以減少對原有生態環境的破壞，使貨物運輸量不僅穩步提高，沿線水環境和生態環境也得到不斷改善，2011年全線達到國家二標航道標準。蘇北航段還專門在航運沿線各船閘實行“GPS一票通”服務，讓船員不出船艙就能完成船舶過閘所有流程，在節約燃油的同時大大減少了碳排放量。