根據深圳市“營改增”實施細則，港口碼頭服務行業屬于試點中的現代服務業，由原來的3%的營業稅改征6%的增值稅。然而，根據深圳港口協會的調研及測算，以2011年的財務數據為基礎，稅制改革后，東、西部港區的稅負增加共約人民幣7467萬元，年度增幅為21%~33%，其中有些單位的稅負上升最高可達40%。 
　　“營改增”要讓港口企業重新考慮經營模式，但時間太倉促，再加上兩種稅的開票方式不同，增值稅涉及的客戶對象也非常繁雜，勢必增加很多與財務、稅收方面相關的人力和設備成本。 
　　鑒于港口行業目前受經濟不景氣影響較大，而“營改增”可能帶來的種種不利無疑將“雪上加霜”。為此港口協會希望政府能出臺優惠措施，有業內人士建議港口行業暫緩試點，增值稅率下調至5%，對增加的稅負全額補貼等。