自《湖州港總體規劃》實施以來，湖州市港航管理部門依據社會經濟發展和港口布局實際，認真抓好港口結構調整工作，嚴格港口市場準入，有效控制小規模碼頭建設，努力提升港口碼頭發展檔次，逐步實現各港區功能定位。 
　　湖州港碼頭泊位年通過能力達到1.39億噸、36萬TEU。截至2012年底，全港擁有港口企業385家，碼頭總延長5.26萬米，泊位數1012個，最大靠泊能力1000噸級。從碼頭結構組成來看，以重力式碼頭為主，湖州港靠泊能力達1000噸級、500噸級、300噸級的泊位分別為4個、314個、 375個，2000年以前建造的碼頭約占40%，2008年《湖州港總體規劃》批復后，新建、改建、擴建的碼頭泊位為104個。
　　近幾年來，港區公用碼頭泊位數在逐年增加，但比例仍偏低，約占總泊位數的19%。專業化泊位也缺乏，煤炭、成品油、液體化工、木材、糧食、集裝箱（多用途泊位）等專業化泊位分別為113個、94個、29個、21個、16個和9個，約占總泊位數的28%。湖州港服務功能總體較弱，仍以傳統的裝卸、儲存、轉運為主，缺乏倉儲、分撥、配送、拆裝箱等延伸服務和增值服務，大大影響了港口輻射功能的發揮和港口物流業的發展。