根據通知，港口勞務性收費和船舶供應服務收費均由政府指導價、政府定價統一改為市場調節。其中，勞務性收費主要涉及集裝箱、外貿散雜貨裝卸作業及國際客運碼頭作業等方面;船舶供應服務收費主要涉及船舶垃圾處理、供水(包括供水、供油、供電、垃圾接收處理、污油水接受處理)等。
根據通知，簡化港口收費項目，將各類勞務性收費由按作業環節單獨設項收費，改為綜合計收港口作業包干費。未來，集裝箱、散雜貨收費項目僅保留港口作業包干費、堆存保管費兩項;在此之外，經營人不得單獨設項、另行收費。
根據通知，國際客運碼頭作業包干費統一由國際客運和旅游客運運營企業支付，不得再向旅客收取。
通知還對實際作業中差異化服務的收費標準、以及不同類別集裝箱的港務費征收標準進行了明確。
通知要求，港口經營人、船舶服務企業應當建立服務、收費目錄清單制度，并在經營場所的顯著位置進行公示;自主制定、調整收費標準應至少在執行前一個月對外公布，并采取書面、電話、短信息、電子郵件等多種方式通知用戶;不得采取強制服務強行收費、價格歧視、價格欺詐等不正當手段，損害用戶合法權益;中國港口協會要制定行業服務標準和價格自律規范，引導企業合法經營、有序競爭，維護行業正常價格秩序;各級交通運輸、價格主管部門要按照各自法定職責加強對港口經營人、船舶供應服務企業的指導、監督，加強價格監督檢查。
