該工程環境影響評價報告由交通運輸部水運科學研究所負責編制。據記者了解，2009年6月，環保部以《關于錦州港專業化煤炭碼頭工程環境影響報告書的批復》對原工程環境影響報告書進行了批復。
之后，中電投錦州煤碼頭工程進行了變更。建設內容由2個5萬噸級、1個7萬噸級和1個10萬噸級共4個煤炭專用泊位變更為3個7萬噸級煤炭專用泊位，年吞吐量由5000萬噸變為3500萬噸，利用岸線長度由1100米變為820米。
此次調整，填海造地用海227.38公頃，港池用海面積65.24公頃，總用海面積為292.62公頃，較原環評增加35.73公頃。煤炭堆存方案由 20座總容量共130萬噸的筒倉變更為3座總容量145.35萬噸的南北向布置的半封閉環保型抑塵散貨料棚，每座寬128.8米、長1105.4米，高 42米，上方開口寬度80米。
該工程總投資44.94億元，其中環保投資5157.3萬元，占工程投資的1.15%。
編制方介紹，編制環評報告時，已采取報紙公示、網絡公示、張貼公告等形式進行了公眾參與，共發放調查問卷105份，收回103份，均表示支持。
但環保部指出，該項目及報告書存在諸多問題：
工程所在區域大氣環境較為敏感，緊鄰有筆架山風景名勝區，目前已有的散貨碼頭和堆場防風網工程未完工，揚塵污染較重。本項目煤炭堆場方案由筒倉變為條倉后，將加重區域揚塵污染。
報告書分析變更后的煤炭堆場方案環境影響時，利用的物理模型比例尺與實際方案規模相差太大，模擬預測結果無法反映堆場方案變更后的實際影響。
“報告書缺少對細顆粒物PM2.5的監測和分析，對工程變更后的大氣環境影響分析結論不可信�！杯h保部在批復中稱，報告書還遺漏了評價范圍內1處大氣敏感點。
環保部擬不予批準變更后的錦州港專業化煤炭碼頭工程建設。
