11月22日晚上8時，廣西新閩航集裝箱班輪公司總經理(實際為總裁)吳志文宣布，廣西新閩航公司旗下船舶停航，等待重組。 　　一位不愿具名的業內權威人士表示，目前廣西新閩航也面臨船東、碼頭、貨主多方糾紛之中，公司也在積極處理。據該人士介紹，實際上11月22日晚上，吳志文宣布停運消息之后，也是在積極和各方協商處理善后問題。對于廣西新閩航的債務，碼頭或船東存在扣箱的現象，故意把船停泊在海中不靠岸。
　　該人士認為，(碼頭或船東)無權扣船、扣箱，應依法處理。船東應依照航次義務按時靠泊卸貨，貨主可以通過起訴途徑要求先行提貨。
　　一位接近吳志文的人士告訴記者，廣西新閩航經營困局早已經發生，而內貿航運大環境持續低迷是主要原因。與此前兩家倒下的航運公司態度不相同，廣西新閩航正在處理和船東、貨主的多方糾紛，嚴冬之下，并無完卵，希望得到外界和媒體的寬容。
　　泉州港口局11月2日的一份廣西新閩航名列泉州港運輸獎勵(補貼)第六批的公示企業名單顯示，根據《泉州市人民政府促進泉州港集裝箱運輸發展的若干意見》等相關政策文件，廣西新閩航掛靠圍頭碼頭，2014年度符合獎勵(補貼)集裝箱中轉箱量26888TEU(標準集裝箱)；2015年上半年符合獎勵(補貼)集裝箱中轉箱量12429TEU。
　　泉州港口局相關人士表示，該補貼發放標準是按照泉州市相關文件進行發放，而發放針對的是2014年及2015年上半年，在此期間廣西新閩航都是正常運營的，也符合相關補貼發放標準。
　　根據此前的公開資料，泉州港對于相關內貿箱的獎勵標準為10元或20元一箱，依據此標準，即使按照20元最高標準算，廣西新閩航能夠拿到的獎勵約78.6萬元。對于該注冊資本為2億元的航運公司來說，78.6萬元難以解決根本問題。