全面加快海港、空港、高鐵三大樞紐經濟區建設，南京航運交易中心獲批籌建。完成全市沿江27處非法碼頭清理取締任務。長江南京以下12.5米深水航道二期工程初通至南京。開通“宜賓—南京”集裝箱直航快班和中歐（南京—莫斯科）貨運班列。保障寧啟鐵路于5月15日開通運營。2016年南京港預計完成貨物吞吐量2.24億噸，完成集裝箱吞吐量310萬標箱。

　　繼續推進龍潭、西壩、七壩、銅井四大公用港區建設，龍潭港區四期、銅井港區三期、五期等工程開展竣工驗收。西壩五期、梅鋼原料碼頭、七壩起步、南鋼、弘陽等碼頭試運行。

　　正式啟動“智慧港航”建設，實現與廳港口局等多部門系統平臺數據的采集對接和港口視頻在“智慧港航”平臺的同步展示。推進“南京港口應急救援基地”建設，確定3處港口應急物資公共儲備庫建設庫房選址，啟動庫房改造建設。強化南京港海輪錨地管理，實行信息化調度。推進南京港聯檢錨地擴能改造前期工作，完成錨地年度掃測工作，為社會船舶提供便捷錨泊服務。