與有著巨大增長潛力與強烈發展要求的物流產業相比，由于物流管理體制相對滯后而引發的一系列管理問題，已成為制約該產業跨越式增長的瓶頸。 
    當前影響我國物流產業發展的根本因素，在于物流業的管理體制這一根本性問題。作為一種社會基礎性服務產業,現代物流業最大特點之一是物流的跨地區、跨行業流動，它是在多式聯運高度發達的基礎上發展起來的延伸服務。我國物流業目前仍采用歸屬管理的模式，即商業、貿易、鐵路、民航、交通、郵政、物資倉儲等眾多行業主管部門各管一攤，跨地區經營的物流企業又涉及到各個地區的各種主管部門。物流企業在工商登記前一系列前置性審批及業務活動中的各種審批手續非常煩瑣。另外，物流企業在不同環節、不同地區被迫重復納稅和交費的問題也較為突出。這種條塊分割式的管理體制同現代物流講究聯合協調、形成一條物流供應鏈以貫穿全過程的要求相悖。因此，加快對物流管理體制的改革，早日形成統一開放的現代物流市場，提高物流效率已成為當務之急。 

    第一,設立統管物流的主管部門。發達國家和地區為加強對現代物流業發展的協調和管理,一般都設置專職機構負責這項工作。改革物流業的管理模式首先就要改變政府部門“多頭”管理的局面，在對現有管理機構的優化組合的基礎上，設立一個跨產業部門、專職現代物流管理的具有一定權威性的政府部門，來充分履行政府對現代物流協調、管理和監督的職能。在制定各級政府物流產業發展規劃時，應注重與市場實際需求相適應，各級區域物流規劃，充分考慮區域內物流園區之間、物流園區和物流中心之間以及相臨省市物流園區之間的覆蓋半徑和區域效應等協調問題，避免出現新的空置園區，并在科學論證的前提下采取措施使現有物流園區空置現象得到合理解決。 

    第二，建立必要的政府部門間的協調機制。可由各級地方政府綜合管理部門牽頭，相關政府部門、行業社團和專家學者參加，共同研究、制定和協調現代物流業發展中的相關政策措施,打破地方保護和部門割據，形成各個物流部門和區域之間相互銜接和配合機制，實現合理分工、錯位發展的良性格局。城市功能與企業物流、不同物流部門間如何有機結合與協調發展，應成為今后發展現代物流的重點課題。 

    第三，從改革市場準入制度和審批制度入手，盡快形成統一完善的市場化、社會化、專業化的物流服務及管理體系。這包括堅決清除地方政府及部門制定的保護主義政策和法規，打破地區封鎖，加強對不正當行政干預和行業壟斷經營行為的制約，使各種物流企業能夠平等地進入市場，在統一、透明、公平、高效的市場競爭中優勝劣汰。 

    第四，積極引導和鼓勵建立跨地區、跨行業的大型第三方物流企業和企業集團。采取允許這些物流企業的經營牌照全國通用、物流公司總部可實行統一納稅政策、貨運經營許可證可不分運輸方式并全國通用等措施，不斷提高大型企業跨地區、跨行業經營的能力,使它們不斷降低經營成本,促進物流在全國范圍內暢流。 

    第五，充分發揮行業協會在現代物流發展中的積極作用。根據世貿組織的有關規則和我國的承諾，及時轉變政府職能，將政府主管部門的一些職能授權給物流行業協會，由它們去建立物流信息統計分析體系，推動物流成本核算及物流設備產品的標準化，實施產業政策和行業法規，進行反傾銷、反補貼談判，并在企業資質認證、服務質量監督、市場劃分、銷售價格、競爭手段等方面充分發揮行業協調和行業自律作用。 

    要突破物流業管理的瓶頸，各級政府部門應根據物流產業的發展需要深化管理模式的改革，逐漸采取更符合國際慣例和市場經濟運作模式、同時也是更有效率的管理方式來實現政府對現代物流產業宏觀調控和協調的功能。